| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,488,087 | A→G | 22.0% | Y257C (TAT→TGT) | lptG → | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,488,087 | 0 | A | G | 22.0% | 304.1 / 91.8 | 168 | Y257C (TAT→TGT) | lptG | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/76); new base G (24/13); total (79/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCT > NC_000913/4487988‑4488186 | gACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTAt < 1:296403/100‑1 (MQ=255) aCGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTAtg < 2:1448939/100‑1 (MQ=255) aCGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTAtg < 2:888879/100‑1 (MQ=255) gTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGa < 2:1992729/100‑1 (MQ=255) gTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGa > 2:1796651/1‑100 (MQ=255) gCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTa > 1:1590681/1‑100 (MQ=255) gCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTa < 2:374046/100‑1 (MQ=255) gCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTa > 1:2838626/1‑100 (MQ=255) gCGGCACCTGCAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTa > 1:3374140/1‑100 (MQ=255) ggCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATc < 2:3067202/100‑1 (MQ=255) aCCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGa < 1:136862/100‑1 (MQ=255) ccTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGaa < 1:1384811/100‑1 (MQ=255) cTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAg < 2:877446/100‑1 (MQ=255) cTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAg > 1:2393157/1‑100 (MQ=255) tGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGt > 1:2629617/1‑100 (MQ=255) tGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGt < 1:3141217/100‑1 (MQ=255) ggAAAACCAACCTCACGCCGGACAACCTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTc > 2:3303638/1‑100 (MQ=255) ggAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTc < 2:2878685/100‑1 (MQ=255) ggAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTc < 2:3156360/100‑1 (MQ=255) gAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCg > 1:3047792/1‑100 (MQ=255) gAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCg > 1:2469335/1‑100 (MQ=255) aaacaaacCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGa > 2:389552/1‑99 (MQ=255) aaaCCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAg < 1:1002528/100‑1 (MQ=255) aaccaaccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGAACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGc < 1:1923890/100‑1 (MQ=255) ccaaccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCgg < 1:2240856/100‑1 (MQ=255) ccaaccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGAGGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCgn < 2:2855836/100‑2 (MQ=255) aaccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTc < 1:1814189/100‑1 (MQ=255) aaccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTc < 2:3344733/100‑1 (MQ=255) ccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAg < 1:3696019/100‑1 (MQ=255) ccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAg < 2:1645467/100‑1 (MQ=255) ccTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAg > 1:1615750/1‑100 (MQ=255) tCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGa > 1:456998/1‑100 (MQ=255) cGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGc < 1:3050766/100‑1 (MQ=255) gCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGcc < 1:2114076/100‑1 (MQ=255) gCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGcc > 1:2638001/1‑100 (MQ=255) ccGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCg < 2:2629598/100‑1 (MQ=255) ccGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCg > 2:3279027/1‑100 (MQ=255) ccGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGGTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCg > 2:3011126/1‑100 (MQ=255) cGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCgg < 2:2214981/100‑1 (MQ=255) gACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGAc < 1:1014641/100‑1 (MQ=255) aCAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACg < 1:328021/100‑1 (MQ=255) aCAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACg < 1:305980/100‑1 (MQ=255) cAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGt > 1:417214/1‑100 (MQ=255) cAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGt > 2:1964780/1‑100 (MQ=255) aaCTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTa > 1:2772161/1‑100 (MQ=255) aaCTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTa > 2:3778498/1‑100 (MQ=255) cTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATc > 1:21949/1‑100 (MQ=255) cTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATc < 2:1130981/100‑1 (MQ=255) tGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCa < 1:672514/100‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGGCGCTGTACCTGGAGGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCGGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCa < 2:1724702/99‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAg < 1:141639/100‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAg < 1:58155/100‑1 (MQ=255) gggCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAg > 1:3776043/1‑100 (MQ=255) gCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCt > 2:2532734/1‑100 (MQ=255) cGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTc < 2:731542/100‑1 (MQ=255) gtggtgGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCa < 1:3561295/100‑1 (MQ=255) ggtggCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAAc > 1:2498547/1‑100 (MQ=255) gtggCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACa < 2:476738/100‑1 (MQ=255) tggCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACAt < 1:3428161/100‑1 (MQ=255) gcgcTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACAtg < 2:1435959/99‑1 (MQ=255) cgcTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACAtgtg > 1:1284665/1‑100 (MQ=255) cTGCACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCTGGACGTTATCAGCTCAACAtgtg < 2:3370935/98‑1 (MQ=255) tGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTTAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAg < 1:517243/100‑1 (MQ=255) tGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAg < 2:2159059/100‑1 (MQ=255) tGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAg > 2:340711/1‑100 (MQ=255) aCCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCaa > 1:832439/1‑100 (MQ=255) 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tCAGCGGTTTGCACAACTGTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATc < 1:2407021/100‑1 (MQ=255) tCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATc > 2:3339464/1‑100 (MQ=255) ggTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTgg > 1:2798260/1‑100 (MQ=255) ttGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCgg < 2:2640720/100‑1 (MQ=255) gCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGtg > 2:2183399/1‑100 (MQ=255) gCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGtg > 2:3706623/1‑100 (MQ=255) gCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGtg > 2:241873/1‑100 (MQ=255) gCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGtg < 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caACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGAATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGtga > 2:1060389/1‑98 (MQ=255) tATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGc < 2:2093403/100‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACCTGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCt < 2:2110497/100‑1 (MQ=255) aTGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGc > 1:3304146/1‑99 (MQ=255) | AGACGGTGAGCGGCACCTGGAAAACCAACCTCACGCCGGACAAACTGGGCGTGGTGGCGCTGGACCCGGATGCACTCTCTATCAGCGGTTTGCACAACTATGTGAAGTATCTGAAGTCGAGCGGTCAGGATGCCGGACGTTATCAGCTCAACATGTGGAGCAAAATCTTCCAGCCGCTATCTGTGGCGGTGATGATGCT > NC_000913/4487988‑4488186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |