| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | 100% | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 89.0% | 346.4 / 40.6 | 100 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/5); new base . (43/46); total (49/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGAC > NC_000913/4409946‑4410137 | ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt < 2:1417556/100‑1 (MQ=255) gAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttt > 1:1143444/1‑100 (MQ=255) gAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttt > 1:621563/1‑100 (MQ=255) gAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttt > 1:1321151/1‑100 (MQ=255) gAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttt < 1:1680054/100‑1 (MQ=38) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:888963/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt < 2:191112/100‑1 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGTATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcat < 2:1389056/100‑4 (MQ=37) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 2:2042587/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 1:966239/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 1:966224/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 1:20446/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcat < 2:2503004/100‑4 (MQ=37) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcat < 1:1116961/100‑4 (MQ=37) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 1:1975721/100‑2 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 1:2490720/100‑4 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 1:2042598/100‑4 (MQ=255) cGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:906286/99‑4 (MQ=255) ggTTGCGACCGGAATTTGCTTATTAGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:1229491/98‑4 (MQ=255) tGCTACCGCAATTTGCTTATTTGAAGGTGTGCGCCATCGTTGCTAATTTCTCAGAATTATGAAACGACATCCATATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCtata < 2:2016724/99‑1 (MQ=255) gCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGTTTTATGACAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGc < 2:491830/100‑1 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTCTAGc > 2:1616175/1‑99 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 1:1893564/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:872274/1‑100 (MQ=255) aCCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTgg > 1:739012/1‑100 (MQ=255) ccGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGt > 1:823587/1‑100 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTaa < 1:1337224/100‑1 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 1:1237204/100‑1 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 1:593624/100‑1 (MQ=255) aaTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGa < 2:287066/100‑1 (MQ=255) aTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCTCCAGCGCAGCTAATTTCTCATAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGAT‑GTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGa < 2:2232271/99‑1 (MQ=255) aTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGAt > 1:1392655/1‑100 (MQ=255) gCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAtt > 2:1150877/1‑100 (MQ=255) gCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGATAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAt > 2:368208/1‑99 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATATCTGGTAAGATAATTa > 2:316448/1‑100 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa > 1:1491668/1‑100 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATACAGATTTGGATGG‑TATTTTTTGTCTATAGCTGGTAAAATAGTTa > 2:2497844/1‑100 (MQ=255) aTTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt < 1:1245261/100‑1 (MQ=255) aTTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt > 2:1036305/1‑100 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTATCTGGTAAGATAATTACGt > 2:468958/1‑99 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTa > 2:838484/1‑100 (MQ=255) ggtgatgcAGCGCTGTTAATTTCTCAGTATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCaaa < 1:1513471/93‑1 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat > 1:2544143/1‑100 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat < 1:1421828/100‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAata < 2:637016/100‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATAtt < 1:1131257/100‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc > 1:1798115/1‑100 (MQ=255) aGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAttt < 2:131542/100‑1 (MQ=255) aGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAttt > 2:2175485/1‑100 (MQ=255) gcgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGTTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtttt < 2:459402/100‑1 (MQ=255) cgtaGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGTCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAt < 2:1281666/93‑1 (MQ=255) cgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTtta > 1:1404845/1‑100 (MQ=255) cgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTtta < 1:1686766/100‑1 (MQ=255) gcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttat < 1:730338/100‑1 (MQ=255) cAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatt < 2:584419/100‑1 (MQ=255) aGCTTATGTCTGTGAATTAAGAAAAGCCATACATATTTTTCTGG‑TTTTTGCTGTCTATAGCTGGCAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttat < 2:1820598/98‑1 (MQ=255) aGCTAATTTCTCAGATTTATGAAAAGCCATCCAGATTTTGATGG‑TTTTTTTTGTCTATATCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttatta < 2:1644229/100‑1 (MQ=255) gCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTaa > 1:132346/1‑100 (MQ=255) tAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAata < 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accATCCAAATCTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGa > 2:1819070/2‑99 (MQ=255) ccATCCAAATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGaat < 2:1951324/100‑1 (MQ=255) cAGATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTTTTTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTTGTTTTATTAATATTTAAAGTTATTCTTTATGGAATAatat > 2:1412044/1‑100 (MQ=255) aGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatata < 1:1585686/100‑1 (MQ=255) gATTTGGATGGTTTTTTTTT‑TCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat > 2:1322178/1‑100 (MQ=255) gATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat > 1:13881/1‑100 (MQ=255) aTTTGGATTG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTGTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAAGATATg < 2:1165471/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGTTGGTAAGATAATTACATATTGCAAATATTAATTATATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:742364/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:8184/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg > 1:2437822/1‑100 (MQ=255) tttGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 1:117101/99‑1 (MQ=255) ttGGATGG‑TTTTTTTCGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGAc < 1:2562561/100‑1 (MQ=255) | CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGAC > NC_000913/4409946‑4410137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |