| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2304696 | NA (NA) | 15 (0.170) | 7/164 | NT | 27.0% | noncoding (280/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 2304728 | 44 (0.470) | noncoding (312/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 | gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 1:1596910‑M2/1‑100 (MQ=255)gCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTA > 1:27143‑M2/1‑100 (MQ=255) ntgtgaAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT < 2:2123956‑M2/99‑1 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCAGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAT > 1:1626840‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 2:600997‑M2/1‑100 (MQ=255) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATC > 1:773913‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 2:352604‑M2/100‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 2:705230‑M2/100‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 1:1795661‑M2/1‑100 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG < 1:2168224‑M2/100‑1 (MQ=255) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAG > 1:948533‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:85681‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:1901231‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:1858955‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 2:1434153‑M2/1‑100 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 1:680317‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 1:147561‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 1:1446670‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGACGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG < 2:85716‑M2/100‑1 (MQ=255) gAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACACCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGG > 1:2554856‑M2/1‑100 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 1:734262‑M2/100‑1 (MQ=255) aaGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGC < 2:2442954‑M2/100‑1 (MQ=255) gTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTGATCAGGC < 2:734727‑M2/98‑1 (MQ=255) ccACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCGGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCcgac < 2:1196159‑M2/97‑5 (MQ=255) cACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGCTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCgtaccccg < 2:2545768‑M2/100‑9 (MQ=255) aCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccctccac < 2:1032191‑M2/97‑9 (MQ=255) cccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGccctccccc < 2:255246‑M2/96‑10 (MQ=255) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatgcgacctaaggggt < 2:523456‑M2/100‑60 (MQ=255) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa > 2:712149/1‑100 (MQ=31) aGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:2107516/100‑1 (MQ=31) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgc < 1:2386715‑M2/100‑62 (MQ=255) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc > 2:1300399/1‑100 (MQ=32) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:973742/100‑1 (MQ=32) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc > 2:153120/1‑100 (MQ=32) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgcc < 1:245743‑M2/100‑63 (MQ=255) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggacgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtgga < 2:1093752‑M2/100‑63 (MQ=255) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt > 1:1330489/1‑100 (MQ=33) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtgaccgccttatccgacctacggggtgcagc < 2:1892409‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagc < 2:148214‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgagcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtgcatc < 1:338645‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgccgc < 1:638039‑M2/100‑65 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc > 1:1334762/1‑100 (MQ=33) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtg < 2:1685223‑M2/95‑61 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcgggcgttggatgtcggatgcggcgtgaccgccttgtctgacctacggggtgccgc < 2:31263‑M2/99‑65 (MQ=255) gTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATc > 1:923179/1‑99 (MQ=32) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggctcggccgttggatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccaacctacggggtggcgcac < 2:61394‑M2/100‑67 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAACGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 1:997630/100‑1 (MQ=25) tGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcact < 2:1096855‑M2/100‑68 (MQ=255) | GCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAA > NC_000913/2304623‑2304795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |