| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,698,281 | A→G | 16.9% | V300V (GTT→GTC) | malI ← | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,698,281 | 0 | A | G | 16.9% | 130.3 / 20.5 | 59 | V300V (GTT→GTC) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/26); new base G (3/7); total (26/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
ATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTG > NC_000913/1698183‑1698379 | ataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTaa > 1:854898/1‑100 (MQ=255) taaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGAc > 2:2491074/1‑100 (MQ=255) taaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAAc < 2:2299391/100‑1 (MQ=255) aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACa < 1:770657/100‑1 (MQ=255) aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACa < 1:1737364/100‑1 (MQ=255) aGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAg < 2:1747494/100‑1 (MQ=255) gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAgg > 1:991069/1‑100 (MQ=255) aTTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGt < 2:1277136/100‑1 (MQ=255) gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGtata < 1:2017881/100‑1 (MQ=255) gAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATatcat < 2:1544574/100‑1 (MQ=255) aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATatcatc < 2:2337458/100‑1 (MQ=255) tGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCaa > 2:420741/1‑100 (MQ=255) ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGtgtg < 2:2322313/100‑1 (MQ=255) ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggt > 1:574852/1‑100 (MQ=255) ntCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggtt > 2:793676/2‑100 (MQ=255) tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggttg < 1:2520971/100‑1 (MQ=255) tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGtggttg < 2:271807/100‑1 (MQ=255) aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGtggttggt > 1:1922070/1‑100 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 1:288474/100‑1 (MQ=255) tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGAGCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 2:780335/100‑1 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt < 1:1929247/100‑1 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtgt < 2:866901/100‑1 (MQ=255) gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGgtg < 2:2450937/99‑1 (MQ=255) gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCg < 1:1504344/100‑1 (MQ=255) gATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCa > 1:1678191/1‑100 (MQ=255) ttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTa < 1:1058475/100‑1 (MQ=255) catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAt > 1:1316077/1‑100 (MQ=255) atcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATg > 1:1070587/1‑100 (MQ=255) atcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATg < 1:571817/100‑1 (MQ=255) catGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgcc < 1:1562017/100‑1 (MQ=255) atGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccg < 1:2537254/100‑1 (MQ=255) gCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccgcc < 1:312313/100‑1 (MQ=255) cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccgc > 2:1276914/1‑98 (MQ=255) gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAg > 1:2028050/1‑100 (MQ=255) aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc < 2:1972589/100‑1 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCGCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg > 2:523768/1‑100 (MQ=255) tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCg > 2:2456649/1‑100 (MQ=255) cAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc < 1:793681/100‑1 (MQ=255) cAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc > 1:347622/1‑100 (MQ=255) cAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc > 2:1368907/1‑100 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 1:2491087/100‑1 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 1:791081/100‑1 (MQ=255) tgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 1:1193313/100‑1 (MQ=255) gATACTCAGTTCCCGCGCTGGCGTGGTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTCTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc < 2:1234330/100‑1 (MQ=255) aTACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt < 1:1852488/100‑1 (MQ=255) tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:978261/1‑100 (MQ=255) aGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTTGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGt < 2:1435693/100‑1 (MQ=255) cccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCCTCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACg > 2:1392847/1‑100 (MQ=255) cgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCg < 2:954326/100‑1 (MQ=255) ggCGTGCTGGTCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCGCAAAGTAACGATCGACTc > 2:416223/1‑100 (MQ=255) gCGTGCTGGCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTcc < 2:1850251/100‑1 (MQ=255) cGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCg > 2:1935017/1‑100 (MQ=255) cGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCg > 2:1885036/1‑100 (MQ=255) gTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGc < 1:1420449/100‑1 (MQ=255) gCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCtt > 1:2063575/1‑100 (MQ=255) ggCCCAGGTGACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 2:1056292/1‑100 (MQ=255) cccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 2:542725/1‑100 (MQ=255) cccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 1:1475696/1‑100 (MQ=255) cccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 1:1243302/1‑100 (MQ=255) tAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTg > 1:1745827/1‑100 (MQ=255) | ATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTG > NC_000913/1698183‑1698379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |