| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,221 | C→T | 100% | A106V (GCC→GTC) | eco → | ecotin, a serine protease inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,221 | 0 | C | T | 88.7% | 204.8 / 15.8 | 80 | A106V (GCC→GTC) | eco | ecotin, a serine protease inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/4); new base T (36/34); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
CGGCGGGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATAC > NC_000913/2304129‑2304320 | cggcggGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCg < 1:1821170/100‑1 (MQ=255) ggcggGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCgg > 1:1446706/1‑100 (MQ=255) gcggGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGa > 1:2254242/1‑100 (MQ=255) cggGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGAt > 2:604734/1‑100 (MQ=255) cggGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGAt > 2:2569511/1‑100 (MQ=255) gggAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATg < 2:1414955/100‑1 (MQ=255) gggAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATg < 1:1885247/100‑1 (MQ=255) gggAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATg < 2:1325174/100‑1 (MQ=255) ggAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATgg < 1:1807087/100‑1 (MQ=255) gAAGCTGGAAAATAAAACGATGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGc < 2:1049640/100‑1 (MQ=255) gAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGc > 1:1421613/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaag > 1:1049192/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCaag > 2:469893/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaaga > 1:1735919/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaaga > 1:1292742/1‑100 (MQ=255) ggAAAACAATTCGCTGGAAGTCTGGGGCTATGCTTATTATGTCTTTTATAAAGTCAGTTCCGCGTTTTCAAAGATGATGATCTGCCCGGATgtggtgtaa < 2:513874/100‑9 (MQ=255) ggAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaa > 1:190047/1‑100 (MQ=255) ggAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaa > 2:2023277/1‑100 (MQ=255) ggAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaa > 2:2419965/1‑99 (MQ=255) gAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaag > 1:1429789/1‑100 (MQ=255) gAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaag < 1:2523436/100‑1 (MQ=255) gAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaag < 2:681213/100‑1 (MQ=255) aacaaaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAgaga < 2:1469516/100‑1 (MQ=255) acaaaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGagaa > 2:750647/1‑100 (MQ=255) acaaaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGagaa > 1:1181089/1‑100 (MQ=255) aaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAgaagaa > 1:915670/1‑100 (MQ=255) gCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAAttt > 1:1398153/1‑100 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 1:1844667/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 1:2344239/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 2:2235712/100‑1 (MQ=255) ggAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTc > 1:320460/1‑100 (MQ=255) aaGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCAc < 2:30080/100‑1 (MQ=255) aGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCAcc < 1:437021/100‑1 (MQ=255) gggggggCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATGTGTCACcg < 2:310897/96‑1 (MQ=255) cTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACcgcg < 2:771166/100‑1 (MQ=255) tGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGt > 2:1867029/1‑100 (MQ=255) ggggCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTa < 2:2559848/100‑1 (MQ=255) cTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTg < 1:1903000/100‑1 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc > 1:463702/1‑100 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGACCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc > 1:331911/1‑100 (MQ=255) attatGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGc < 2:830717/100‑1 (MQ=255) ttatGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCt < 1:341733/100‑1 (MQ=255) tatGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCCTATCTGGGCGATGCTg > 2:1524045/1‑100 (MQ=255) atGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAAAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTgg > 1:217377/1‑100 (MQ=255) tGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGTCGATGCTGGa > 2:1715915/1‑100 (MQ=255) gTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCAGGTTTCAACGATGATGATCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGCAGAAATGTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTgg < 2:412163/98‑1 (MQ=255) cTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGACGCACTTTGTCACCACGTATCTGGGCGATGCTGGAAt > 2:2270189/1‑99 (MQ=255) cTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtg > 2:2386701/1‑100 (MQ=255) cTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtg > 1:2062313/1‑100 (MQ=255) tttGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgc > 1:1408381/1‑100 (MQ=255) ttGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgct > 2:171543/1‑100 (MQ=255) tGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTATCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgctg < 2:1181084/100‑1 (MQ=255) tGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGAAGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCAGGAAtg > 2:637662/1‑97 (MQ=255) gATAAAGTCAGTTCGCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgctgc < 2:1152601/100‑1 (MQ=255) gATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgctgc < 1:618222/100‑1 (MQ=255) gATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgctgc < 1:2496882/100‑1 (MQ=255) ntAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCg > 2:1979704/2‑100 (MQ=255) aTAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCg > 2:1183774/1‑100 (MQ=255) aTAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCg < 1:654907/100‑1 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGt > 2:2359891/1‑100 (MQ=255) aaaGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGtt < 1:353534/100‑1 (MQ=255) aGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTac > 1:2480369/1‑100 (MQ=255) tccgatctcGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTacaac < 1:2145339/92‑1 (MQ=255) cAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTacaac > 2:1864828/1‑100 (MQ=255) cccGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAg < 1:159124/100‑1 (MQ=255) cccGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAg > 1:2450114/1‑100 (MQ=255) cGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAgatcgga > 2:2145328/1‑94 (MQ=255) gTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGc < 1:980754/100‑1 (MQ=255) ttCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCg < 2:320456/100‑1 (MQ=255) cAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGAt > 2:1954847/1‑100 (MQ=255) cAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGAt < 1:1387903/100‑1 (MQ=255) cAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGAt > 2:2131595/1‑100 (MQ=255) aCGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCg > 2:2141083/1‑100 (MQ=255) cGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgt < 1:2077392/100‑1 (MQ=255) cGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgt > 2:997303/1‑100 (MQ=255) atgatgGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgtgg < 1:460317/100‑1 (MQ=255) tgatgGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgtggt < 2:538254/100‑1 (MQ=255) gatgGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgtggtg < 1:2404717/100‑1 (MQ=255) gatgGGCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgtggt < 2:2037693/99‑1 (MQ=255) ggCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGtat < 1:2131606/100‑1 (MQ=255) ccTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATAc > 1:731740/1‑100 (MQ=255) | CGGCGGGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATAC > NC_000913/2304129‑2304320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |