| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,704,308 | C→T | 15.4% | intergenic (‑245/+27) | rnc ← / ← lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,704,308 | 0 | C | T | 15.4% | 291.0 / 37.3 | 116 | intergenic (‑245/+27) | rnc/lepB | RNase III/leader peptidase (signal peptidase I) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/50); new base T (6/12); total (54/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCA > NC_000913/2704210‑2704405 | cAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACg > 2:1542323/1‑100 (MQ=255) aCCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGc < 1:102569/100‑1 (MQ=255) ccTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCg > 2:2572216/1‑100 (MQ=255) ccTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCg > 1:1857570/1‑100 (MQ=255) ccTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCg > 1:172997/1‑100 (MQ=255) cTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGa < 2:1861376/100‑1 (MQ=255) 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ggAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGaa < 2:607170/100‑1 (MQ=255) gAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGaattatt < 1:2053294/100‑6 (MQ=37) aaTATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGa < 1:508458/100‑1 (MQ=255) atatTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGAt > 2:1490880/1‑100 (MQ=255) cttCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGaattatttatg < 2:1900061/99‑10 (MQ=21) atTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAGTTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGaattatttatg > 1:1506921/1‑91 (MQ=21) ttCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAGTTCACGTTGTCGCCGTTATGGCGACAACGTGaattatttatga < 2:1506913/100‑11 (MQ=21) tCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCt > 1:1097340/1‑100 (MQ=255) tataCACAACGACGGGGGATGTCGTTAGTCTTTTGTGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGTCGACATCGTGAACGAAGATGGCtn < 2:723603/99‑2 (MQ=255) ataCACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTAAACGAAGATGGCTAtt > 1:1700389/1‑100 (MQ=255) taCACAAGGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTa > 1:1366967/1‑100 (MQ=255) acacAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTaa < 2:2284051/100‑1 (MQ=255) cacaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAAt > 1:686434/1‑100 (MQ=255) acaACGACGGGGTATGTCGTTAGCGACGGGAGATTTATCTCATAAAGAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg < 2:726984/100‑1 (MQ=255) acaACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTGATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATg < 1:1820372/100‑1 (MQ=255) caACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATgg > 2:2292803/1‑100 (MQ=255) aaCGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGAGAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGa < 1:1630385/100‑1 (MQ=255) aaCGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATGTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGa < 1:2387859/100‑1 (MQ=255) acgacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATgg < 1:117880/98‑1 (MQ=255) acgacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGAt > 2:384305/1‑100 (MQ=255) cgacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATg > 1:2105704/1‑100 (MQ=255) cgacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATg > 1:692109/1‑100 (MQ=255) gacgGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATgc > 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cATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGc < 1:816069/100‑1 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCt < 1:858237/100‑1 (MQ=255) aTAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCt < 1:2435965/100‑1 (MQ=255) aaCGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCa < 1:413828/100‑1 (MQ=255) | CAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGGATGTCGTTAGCCACGGGAGATTTATCTCATAAATAATTCACGTTGTCGCCATAACGGCGACAACGTGAACGAAGATGGCTATTAATGGATGCCGCCAATGCGACTTAAGCGCAGACCAGTCGGCCATTCGCCTTCTTGCTTATCGAAGCTCA > NC_000913/2704210‑2704405 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |