Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,753,986 | A→T | 16.3% | intergenic (+40/+22) | bamE → / ← ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,753,986 | 0 | A | T | 16.3% | 218.3 / 32.9 | 85 | intergenic (+40/+22) | bamE/ratB | lipoprotein component of BamABCDE OM biogenesis complex/UPF0125 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/29); new base T (8/6); total (50/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
TTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCA > NC_000913/2753887‑2754084 | tttAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCaa < 1:1203138/100‑1 (MQ=255) tAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATg > 1:1272705/1‑100 (MQ=255) gtgtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCttttt < 1:1058830/100‑1 (MQ=255) tgtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCtttttt < 2:241749/100‑1 (MQ=255) gtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTTCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCtttttta < 2:62736/100‑2 (MQ=255) gtgtTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATTAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCATTGAGCACCtttttta < 2:733913/100‑2 (MQ=255) 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1:1636832/1‑100 (MQ=255) ccAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑ctgtctgt > 1:184638/1‑100 (MQ=255) ccAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑ctgtctgt > 2:461434/1‑100 (MQ=255) ccAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑ctgtctgt > 2:743461/1‑100 (MQ=255) cAATATTAATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGtt < 1:1562155/100‑1 (MQ=255) atatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttat > 1:1803335/1‑100 (MQ=255) atatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttat > 2:2479119/1‑100 (MQ=255) tatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttatt < 1:1996220/100‑1 (MQ=255) tatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttatt < 1:2499450/100‑1 (MQ=255) tatTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACATTTTTT‑CTGTCTGttat > 1:430274/1‑99 (MQ=255) atTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttattt < 1:1795623/100‑1 (MQ=255) tGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttatttat > 2:989634/1‑100 (MQ=255) gATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGttatttat > 1:295442/1‑99 (MQ=255) tAACAAATCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTGAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTc > 2:1369038/1‑99 (MQ=255) tAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCg < 2:242425/100‑1 (MQ=255) cAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTg > 1:172499/1‑100 (MQ=255) aaCCTGCGCTGACTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACTTTAAAAAAGGTTCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGAt < 2:2246764/100‑1 (MQ=255) cTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGAtttt < 1:745991/100‑1 (MQ=255) gcgcTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc > 2:1629741/1‑100 (MQ=255) gcgcTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc < 2:1804462/100‑1 (MQ=255) gcgcTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTc < 1:1862309/100‑1 (MQ=255) gcTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTg > 2:927356/1‑100 (MQ=255) cTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGc < 2:1643575/100‑1 (MQ=255) 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2:2026185/1‑100 (MQ=255) aaCTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTCATTCGCTGATTTTTTTTCTCGTTGCCt > 2:2272511/1‑100 (MQ=255) cTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTg > 2:1256871/1‑99 (MQ=255) cTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGc > 1:70185/1‑100 (MQ=255) cTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGc < 2:1180399/100‑1 (MQ=255) cTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTT‑AAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCg > 2:2243017/1‑100 (MQ=255) aataataaAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGa < 1:921628/100‑1 (MQ=255) ataataaAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGaa > 1:615595/1‑100 (MQ=255) taataaAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAg > 2:501836/1‑100 (MQ=255) gTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTc < 1:919918/100‑1 (MQ=255) gTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTc > 1:1446496/1‑100 (MQ=255) gCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCg > 2:330361/1‑98 (MQ=255) ctcAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCg < 1:1239896/100‑1 (MQ=255) tcAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCgg > 2:1373389/1‑100 (MQ=255) cAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGc > 1:449619/1‑100 (MQ=255) cAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGc > 1:1086214/1‑100 (MQ=255) cAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAACGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGc > 2:2048032/1‑100 (MQ=255) gacagaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTAACGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTATGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATg > 2:2376751/6‑100 (MQ=21) cGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTCTTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAAt > 2:1445858/1‑97 (MQ=255) acagaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATgag > 1:614105/5‑100 (MQ=255) gTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTTTTTCGGATCGGCAATgaga > 2:886088/1‑100 (MQ=255) tAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg > 2:235750/1‑100 (MQ=255) gaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg > 1:654314/2‑100 (MQ=255) gaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg > 1:941199/2‑100 (MQ=255) gaaaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAgg > 1:1450713/2‑100 (MQ=255) aaaaaaGGTGCTCAATGAGTACCTTTTTT‑CTGTCGGTTTTTTATTCGCGTATTTTTCTGTTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATTGGCAATGAGAggg < 2:245298/100‑1 (MQ=255) aaaaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTTAACGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCACTGAGAggg > 2:198309/1‑100 (MQ=25) aaaaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCg > 2:2490421/1‑100 (MQ=255) aaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGa > 1:128750/1‑100 (MQ=255) aaaGGTGCTCATTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGa > 1:1405157/1‑100 (MQ=255) aaGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGAt > 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cTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtct > 1:1855442/1‑100 (MQ=255) tCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtctc > 1:2304673/1‑100 (MQ=255) tCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtctc > 2:444316/1‑100 (MQ=255) tCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAAtctc > 2:40653/1‑100 (MQ=255) cAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTcc < 2:2278881/100‑1 (MQ=255) aaTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCa < 2:2540926/100‑1 (MQ=255) aaTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCa > 2:2329086/1‑100 (MQ=255) aTGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTCTTTATTCGCTGATTGTTCTGCTCGTTGCCTTCGAAGCTCTGTTGGATCGGCAATGAGGGTGCGATAAGTCTCCa > 2:2434062/1‑99 (MQ=255) | TTTAACAGTAGCGGTGTGTTGACCAATATTGATAACAAACCTGCGCTGAGTGGTAACTAATAATAAAGTTGCTCTCAAAGACGTTAAAAAAGGTGCTCAATGAGCACCTTTTTT‑CTGTCTGTTATTTATTCGCTGATTTTTCTGCTCGTTGCCTGCGAAGCTCTTTCGGATCGGCAATGAGAGGGCGATAAATCTCCA > NC_000913/2753887‑2754084 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |