| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,439,845 | T→A | 16.1% | intergenic (+52/+27) | ytfK → / ← ytfL | DUF1107 family protein/UPF0053 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,439,845 | 0 | T | A | 16.1% | 281.3 / 43.0 | 111 | intergenic (+52/+27) | ytfK/ytfL | DUF1107 family protein/UPF0053 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/53); new base A (8/10); total (48/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGTTTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGAT > NC_000913/4439746‑4439943 | tCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAt > 1:694893/1‑100 (MQ=255) ccGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAtt > 1:950543/1‑100 (MQ=255) aaGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAg < 1:1719739/100‑1 (MQ=255) aaGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAg < 2:2108503/100‑1 (MQ=255) aGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAgg < 2:2198200/100‑1 (MQ=255) gTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGa > 1:1542764/1‑100 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |