| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 523,741 | (G)6→5 | coding (481/4281 nt) | rhsD → | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 523,736 | 0 | G | . | 96.2% | 226.4 / 2.3 | 52 | coding (476/4281 nt) | rhsD | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base . (21/29); total (22/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 | |||||||||||
TGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGTGGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTG > NC_000913/523637‑523828 | tgctgcCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCtgtg < 1:1042965/100‑1 (MQ=255) gttgcCGGGGGAGGCTGTGTACATACGCAGTGAGTAAATGTGGATGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGTgg < 2:1269908/98‑1 (MQ=255) tgcCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGTgggg > 2:636289/1‑100 (MQ=255) gtgtACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGa < 2:1138919/100‑1 (MQ=255) gtgtACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGa < 2:867679/100‑1 (MQ=255) gtgtACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGa < 2:935500/100‑1 (MQ=255) tACAGCCGCAGTGCGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGatat > 1:23230/1‑100 (MQ=255) aCAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATc < 2:1655511/100‑1 (MQ=255) aCAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATc > 1:1015899/1‑100 (MQ=255) aCAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATc > 1:723094/1‑100 (MQ=255) cGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGTGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGtt < 2:1619863/100‑1 (MQ=255) gCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTa < 2:313596/100‑1 (MQ=255) aGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAg > 1:1386404/1‑100 (MQ=255) aGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAg < 2:123341/100‑1 (MQ=255) gTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGACGATGCAGCCGGATATCCGGTTAAGc > 2:1461529/1‑100 (MQ=255) aaTGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATc < 2:1579972/100‑1 (MQ=255) aaTGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATc < 1:1253093/100‑1 (MQ=255) aaTGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATc > 1:7996/1‑100 (MQ=255) tgtgGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTGAAGCCCGCATCtt > 1:358097/1‑100 (MQ=255) gaggCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCttt > 2:1225736/3‑100 (MQ=255) ggCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTAc > 2:50832/1‑100 (MQ=255) gCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGGCCGCATCTTTAcc < 1:826500/100‑1 (MQ=255) tGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTg < 1:1309177/100‑1 (MQ=255) tGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCg < 1:1291744/100‑1 (MQ=255) cgcgGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGAc > 2:898361/1‑100 (MQ=255) gcgGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGAcc > 2:746423/1‑100 (MQ=255) gcgGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGAc < 2:819553/99‑1 (MQ=255) gcgGTGGTAAGGCAGCACAGCCGCACGCCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAATCCCGCATCTTTACCTGGCGAcc < 1:1611452/100‑1 (MQ=255) ggtggtAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGAc < 2:819584/97‑1 (MQ=255) gtggtAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAAc < 2:1755332/100‑1 (MQ=255) ggtAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAg > 2:860600/1‑100 (MQ=255) tAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAgcg < 2:981386/100‑1 (MQ=255) tAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAgcg > 1:1556666/1‑100 (MQ=255) tAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAgcg > 2:764229/1‑100 (MQ=255) aaGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAgcgc < 1:1622718/100‑1 (MQ=255) aGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGca > 1:1116344/1‑100 (MQ=255) aGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGAAATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACAAACAACGca > 1:454974/1‑100 (MQ=255) gcagcaCAGCCGGACGGCCATACGTTGGCGCTGCTGTGGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGcac < 2:108164/100‑1 (MQ=255) agcaCAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAgg < 2:1244243/100‑1 (MQ=255) agcaCAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAgg < 2:1244260/100‑1 (MQ=255) gCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCgt < 2:468207/100‑1 (MQ=255) gACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCgtggtg < 1:1036401/100‑1 (MQ=255) ggCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGAt < 2:416062/100‑1 (MQ=255) gCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGAt > 1:1598023/1‑99 (MQ=255) gCCATACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATa > 2:594799/1‑100 (MQ=255) gCCATACGCTAGCGCGGCTAT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATACGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGCCGACCAACAGCGCACAGGGCCCGTGGTGGATa > 1:368370/1‑100 (MQ=255) aTACGCTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTg > 1:580953/1‑100 (MQ=255) cTGGCGCGGCTGT‑GTTGGCGCTGCCTCTTGATATCTGGTTAAGCCTGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGAACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGggt < 2:602728/99‑1 (MQ=255) cTGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGggtg < 2:723098/100‑1 (MQ=255) tGGCGCGGCTGT‑GGTGGCGCTGCCGCTGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCGTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGggtgg < 2:379940/100‑1 (MQ=38) tGGCGCGGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGggtgg < 2:716582/100‑1 (MQ=255) cgcgGCTGTGGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTc > 2:256496/1‑100 (MQ=255) gcgGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTg < 2:1200546/100‑1 (MQ=255) gcgGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTg > 1:933320/1‑100 (MQ=255) gcgGCTGT‑GGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTg < 1:764225/100‑1 (MQ=255) | TGCTGCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGCGCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGTGGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGATACTGGGGTGGTCTG > NC_000913/523637‑523828 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |