| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,469,733 | (T)8→7 | coding (603/1332 nt) | gtrS → | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,469,726 | 0 | T | . | 90.0% | 289.8 / 30.7 | 80 | coding (596/1332 nt) | gtrS | serotype‑specific glucosyl transferase, CPS‑53 (KpLE1) prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/2); new base . (33/39); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
TAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTTG > NC_000913/2469631‑2469821 | tAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttt < 2:1288464/100‑1 (MQ=255) aaaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttt < 2:1032706/100‑1 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt > 2:985092/1‑100 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt > 2:1709305/1‑100 (MQ=255) aaTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAttttttt > 1:1372699/1‑100 (MQ=255) aTCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttt < 1:1348761/100‑1 (MQ=255) 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2:1591047/100‑4 (MQ=255) cTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATAtttttttgat < 2:573566/100‑4 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGac > 1:136751/1‑100 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGac > 2:1235539/1‑100 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGac < 2:1504124/100‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGac < 2:1535375/100‑1 (MQ=255) gCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGa > 2:1470063/1‑99 (MQ=255) cTTTTGCTATTTTTTTCGTTTCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGaca < 2:576698/100‑1 (MQ=255) 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2:1656270/100‑1 (MQ=255) cGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTaaa > 1:1633906/1‑100 (MQ=255) ttGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAAt < 2:1564718/99‑1 (MQ=255) ttGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATc < 2:1257548/100‑1 (MQ=255) gCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTg < 2:281149/100‑1 (MQ=255) cTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGt > 2:1414707/1‑100 (MQ=255) taataaTATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGt > 2:1246504/1‑100 (MQ=255) taataaTATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTa > 1:1538274/1‑100 (MQ=255) 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1:1470521/1‑100 (MQ=255) tCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgt > 2:822121/1‑100 (MQ=255) cTACTTCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtg < 2:1062722/100‑1 (MQ=255) aCTGCTAAAAATCAATTTATATTAACACCACTAATAGTGTATTTATATTATA‑TTTTTTTGATATACACAAACTAATTAATAAATTTGTAATATGAgtgtt > 1:1267020/1‑98 (MQ=255) cTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtgg > 2:995378/1‑98 (MQ=255) tGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCgtggtg < 2:109058/99‑1 (MQ=255) tGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGgtgt < 2:1470532/100‑1 (MQ=255) gCTAAAAATCAAATTATATTAACCCCACTAATAGTGTATGCATATTATA‑TTTTTTTCATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGtgtg > 1:104279/1‑100 (MQ=255) 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< 1:1246493/100‑1 (MQ=255) tgtATTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTc < 2:447314/99‑1 (MQ=255) aTTCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaaaa > 1:818530/1‑100 (MQ=255) ttCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaaaa < 1:583550/100‑1 (MQ=255) ttCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATCCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCaaaa > 2:1819000/1‑99 (MQ=255) tCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAgg < 2:427928/100‑1 (MQ=255) tCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAgg < 1:142627/100‑1 (MQ=255) tCATATTATA‑TTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAgg < 1:1472691/100‑1 (MQ=255) atattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGgtg < 2:1774487/100‑1 (MQ=255) tattata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAANAGgtgt < 1:1467724/100‑1 (MQ=255) ttata‑ttTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGtgttg > 2:537029/1‑100 (MQ=255) | TAAATCTATGCTTTTGCTATTTTTTTCGTTGCTAATAATATCTACTGCTAAAAATCAATTTATATTAACCCCACTAATAGTGTATTCATATTATATTTTTTTTGATAGACACAAACTAATTATTAAATCTGTAATATGCGTGGTGTGCTTGCTTGCGTCAATATTTGCAATATCTTATTCAAAAGGTGTTG > NC_000913/2469631‑2469821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |