| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 94.5% | 216.8 / 12.5 | 57 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base . (29/23); total (34/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
CTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACAT > NC_000913/4409947‑4410139 | cTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtt > 2:776830/1‑100 (MQ=255) tGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttt > 2:161460/1‑100 (MQ=255) tGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttt > 2:545040/1‑100 (MQ=255) aaCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGctttt < 2:1476797/100‑1 (MQ=38) aCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttt < 2:1533500/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:113089/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt < 1:315673/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttn < 2:1398282/100‑2 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGTAATTTGCTTATTTGATGCTGTGCGCCAGCTCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 2:1083463/100‑2 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 1:41280/100‑2 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgt < 1:380413/100‑3 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 1:374287/99‑2 (MQ=255) ttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcataa < 2:298822/100‑6 (MQ=37) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:1553353/100‑4 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTAGTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 1:1118265/100‑4 (MQ=255) ggTTGCGACCGTAAGTTGCTTATTTAAAGCGGTTCGCCATCGCAGCTAATTTCTCATAATTATGAAGAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCta < 1:1088589/100‑1 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:1622706/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCt > 2:343683/1‑100 (MQ=255) gACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTg > 2:840717/1‑100 (MQ=255) ccGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGt > 2:115064/1‑100 (MQ=255) cGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTa < 1:790430/100‑1 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 1:963939/100‑1 (MQ=255) aTTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGAt > 2:328797/1‑100 (MQ=255) tGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAt < 1:47405/100‑1 (MQ=255) gCTTATTTGAAGCGGTTCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAtt < 2:1762386/100‑1 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa < 2:901339/100‑1 (MQ=255) attATTTGAAGCGGTGCGCAAACGCAGCTAATTTCTCAGAATTAAGAAAAGACATCCAGATTTGGAT‑GATTTTTTTTGTCTATAGATGGTAAGATAATTa > 1:1252044/2‑100 (MQ=255) tATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg > 2:419653/1‑100 (MQ=255) aTTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt > 2:81484/1‑100 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATATCTGGTAAGATAATTACGTa > 1:787703/1‑100 (MQ=255) ttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTAt > 2:191059/1‑100 (MQ=255) aGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCa > 2:8056/1‑100 (MQ=255) aGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCa > 1:1510195/1‑100 (MQ=255) gTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAata > 2:1453049/1‑100 (MQ=255) gcgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATAtt > 2:20702/1‑100 (MQ=255) gcgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATAtt < 1:1622695/100‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATAtt > 2:278546/1‑100 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc > 2:1369504/1‑100 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAAATATGAAAAGCCATCCAGATTTAGATGGTTTTTTTTT‑TCTATCGCTCATAAGATCATTACGTTCTCCCAATATTc > 1:1620764/1‑100 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTAAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAatat > 1:364905/1‑98 (MQ=255) agtgcAGCTAATTTCTCAGAAAAAAGAAAAGCAAACCAG‑TTTTGTTTGATTTTATTTGTATATAACTAGTAAGATACTTACGTATTTAAAat > 1:711236/4‑92 (MQ=255) aGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTTGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtt < 1:1383451/94‑1 (MQ=255) aTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATAtt > 2:937257/1‑100 (MQ=255) tttCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCTGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATAttt < 2:1373830/100‑1 (MQ=255) tcAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAAc < 1:841854/100‑1 (MQ=255) cAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACt > 2:12355/1‑100 (MQ=255) cAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACt < 1:158410/100‑1 (MQ=255) aGAATTATGAAAAGCCATCCAGAAATGGATGG‑ATTTTTTTGTTTATATCTGGTAAGATAATTAAGTATTTCCAATATTCATTTTATTAATATTTAAACtt > 1:709226/1‑100 (MQ=255) tATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAATTTAATCt < 2:956107/100‑1 (MQ=255) aaaaaaACCATCCAAATCTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCta > 2:843228/3‑100 (MQ=39) gAAAAGCCATCCAGATTTGTATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCtata < 1:336043/100‑1 (MQ=255) gAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCtata > 1:1292994/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCtata > 2:252680/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTCTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCtata > 2:1724348/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCCATCCAGATTTGGAAGG‑ATTTTTTTGTATATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATTta > 1:855442/1‑98 (MQ=255) aaaaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTatat > 2:1523593/1‑100 (MQ=255) aaaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATg < 1:343681/100‑1 (MQ=255) aaaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATg < 2:263807/100‑1 (MQ=255) aaGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATgg < 1:161460/100‑1 (MQ=255) aGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGa < 1:1506184/100‑1 (MQ=255) cATCCAGATTTGGATGG‑ATTTATTAGTCTATAGCTGGTAAGATAATAACGTATCGCAAATATTCATTTTATTTATATTTAATCTTAATCTATATGGaata > 1:760583/1‑100 (MQ=255) cAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAataata < 1:1106666/99‑1 (MQ=255) agttttGGATTG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatata < 2:1735977/97‑1 (MQ=255) aaatctGGATGG‑TTTTTTTTGTTTATATCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatata > 1:65258/6‑100 (MQ=255) gATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat < 1:780928/100‑1 (MQ=255) gATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat > 2:1263347/1‑100 (MQ=255) gATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat < 1:12355/100‑1 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:692224/100‑1 (MQ=255) tttGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGa > 2:664247/1‑100 (MQ=255) tttGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGa < 1:1688537/100‑1 (MQ=255) ttttaatatttttttttGTCTATAGCTAGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTTATCTATATGGAATAATATATgc < 1:762528/92‑2 (MQ=255) ttGGATGGTTTTTTTTT‑TTTTTATCTGATAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg > 1:768108/1‑98 (MQ=255) ggATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGAAATAATATATGAAAt > 1:1740201/1‑100 (MQ=255) | CTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACAT > NC_000913/4409947‑4410139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |