| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 420,471 | C→T | T294M (ACG→ATG) | brnQ → | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 420,471 | 0 | C | T | 96.8% | 196.7 / ‑2.5 | 62 | T294M (ACG→ATG) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein; LIV‑II transport system for Ile, Leu, and Val |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (31/29); total (33/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCG > NC_000913/420375‑420565 | aCGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGc < 1:1486686/100‑1 (MQ=255)aCGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGc < 2:1352395/100‑1 (MQ=255) cGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCATACTTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAAGCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCa < 2:945004/100‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAg < 1:885432/100‑1 (MQ=255) gcgcTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGt > 1:1168839/1‑100 (MQ=255) gcgcTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGt < 1:361664/100‑1 (MQ=255) cgcTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGtt > 2:198683/1‑100 (MQ=255) tgctATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGc > 2:1750986/1‑100 (MQ=255) gctATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGc > 1:1173186/1‑99 (MQ=255) tCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGAcc < 2:1469056/100‑1 (MQ=255) cTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCt > 1:1433809/1‑100 (MQ=255) gCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCtgt < 1:1123936/100‑1 (MQ=255) tGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCt < 1:1210693/100‑1 (MQ=255) tGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCt < 2:1633374/100‑1 (MQ=255) tGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGc > 1:1764604/1‑99 (MQ=255) gCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCtt > 1:689150/1‑100 (MQ=255) cTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCt < 1:1561554/98‑1 (MQ=255) cTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtg < 1:861853/100‑1 (MQ=255) ttACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtgt > 1:668528/1‑100 (MQ=255) ttACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtg < 1:1680573/99‑1 (MQ=255) tACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtgtg > 2:449018/1‑100 (MQ=255) aCGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCCGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGc > 1:1691377/1‑100 (MQ=255) aGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGACAGTAGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAAtt > 2:545035/1‑100 (MQ=255) gCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGaa > 2:1205647/1‑97 (MQ=255) cacaCCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCt > 2:504204/1‑100 (MQ=255) acacCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCtt > 1:1812923/1‑100 (MQ=255) acacCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCtt < 1:536428/100‑1 (MQ=255) ccTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGc < 1:260634/100‑1 (MQ=255) tttGGGGGCGGCGGTAGCTGCCTGGTTGATGCGTTTATCTTCATCGACTGCGTGGTAATGGCAGTTAGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTc < 1:1532171/93‑1 (MQ=255) ggcggcggcGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAgt < 2:1336959/100‑1 (MQ=255) ggcggTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAgtacgtac > 1:440027/1‑100 (MQ=255) cggTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCg > 1:244803/1‑100 (MQ=255) ggTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGc < 2:1359296/100‑1 (MQ=255) ggTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGc > 1:1802836/1‑100 (MQ=255) tAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGctc < 2:928071/100‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGctctc > 2:1107893/1‑100 (MQ=255) ttCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGctctc < 1:1708769/98‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCtt > 1:375327/1‑100 (MQ=255) tCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTa > 1:1146015/1‑100 (MQ=255) ggcggcGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTAc > 1:246079/1‑99 (MQ=255) ggcggcGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACg > 2:1166362/1‑100 (MQ=255) ggcggcGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACg < 2:436824/100‑1 (MQ=255) gcggcgTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGc > 1:980546/1‑100 (MQ=255) gcggcgTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGc < 2:668532/100‑1 (MQ=255) gcgTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTgg > 2:557605/1‑100 (MQ=255) cgTTAATCTT‑ATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGgtg > 1:1777170/1‑100 (MQ=255) gTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGgtg < 2:820432/100‑1 (MQ=255) gTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGgtg < 2:92071/100‑1 (MQ=255) aTCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTa < 2:1267103/100‑1 (MQ=255) tCTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTAt < 2:198029/100‑1 (MQ=255) cTTCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATc > 1:1011706/1‑100 (MQ=255) ttCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCATGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATcc > 1:1506900/1‑100 (MQ=255) tCATCGCCTGCCTGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCAAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTAAGATGGTGTTTATc > 1:1390783/1‑98 (MQ=255) gcctgcctGGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTcggcg < 2:1812936/100‑1 (MQ=255) tgcctgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTTCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCggcggcn < 1:343435/100‑2 (MQ=255) tgcctgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCt < 2:1472050/100‑1 (MQ=255) cctgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCtt > 1:1660291/1‑99 (MQ=255) ctgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGACGGCTtc > 2:1633185/1‑99 (MQ=255) ctgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCATCGGCGGCTtct > 2:136593/1‑100 (MQ=255) tgGTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTtctc > 1:880379/1‑100 (MQ=255) ggTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCg > 2:1820130/1‑100 (MQ=255) gTAATGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGGCCAGTACGTAGCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCg < 1:787842/99‑1 (MQ=255) | ACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCG > NC_000913/420375‑420565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |