| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,214,649 | A→T | 74.1% | I124F (ATC→TTC) | metA → | homoserine O‑transsuccinylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,214,649 | 0 | A | T | 74.1% | 139.8 / 52.9 | 77 | I124F (ATC→TTC) | metA | homoserine O‑transsuccinylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/11); new base T (28/29); total (37/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
GAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCC > NC_000913/4214556‑4214746 | gAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCTCAGTTCAAAc > 1:1085029/1‑100 (MQ=255)gAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAAc < 1:715388/100‑1 (MQ=255)gAAGATATCCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCAGCTGCGCCTGGTGGAGTCTAATCATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCaacc > 2:2106720/1‑98 (MQ=255) aGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAg > 1:114537/1‑100 (MQ=255) atTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGc > 1:85719/1‑100 (MQ=255) ttCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCt > 2:608139/1‑100 (MQ=255) ttCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCt < 2:1672374/100‑1 (MQ=255) ttCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGAGCt > 1:1749782/1‑100 (MQ=255) tCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTg > 2:1473241/1‑100 (MQ=255) cAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTgg < 1:1736748/100‑1 (MQ=255) gATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGt > 1:444525/1‑100 (MQ=255) gATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGt > 2:1910285/1‑100 (MQ=255) gATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGt > 2:670509/1‑100 (MQ=255) tCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTgg < 2:1775486/100‑1 (MQ=255) tCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTgg < 1:1656872/100‑1 (MQ=255) cAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGt < 1:1594239/100‑1 (MQ=255) cgatcTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTc < 1:1065797/96‑1 (MQ=255) aGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGt < 1:53004/99‑1 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTTGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCg < 2:790223/100‑1 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCg > 1:591185/1‑100 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCg < 2:1184772/100‑1 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGCGGt > 1:2014617/1‑98 (MQ=255) gAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCg > 1:2179962/1‑100 (MQ=255) cTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGaaa > 2:1602207/1‑100 (MQ=255) cTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGaaa > 1:2098078/1‑100 (MQ=255) tttGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAg < 1:155401/100‑1 (MQ=255) ttGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTcagatcg > 2:1065795/1‑94 (MQ=255) tGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGa < 1:670509/99‑1 (MQ=255) gatggTTTGATTGTAACAGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATc < 2:1078528/97‑1 (MQ=255) gACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATc > 2:620369/1‑100 (MQ=255) aCGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCa < 2:1730039/100‑1 (MQ=255) aCGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCa < 1:1803938/100‑1 (MQ=255) tttGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTc < 1:1064549/100‑1 (MQ=255) tttGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATAACGTc > 1:1264316/1‑100 (MQ=255) tttGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTc < 2:527718/100‑1 (MQ=255) tGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAGACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCAc < 2:1340313/100‑1 (MQ=255) gATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGAACACGTCAcc > 1:350486/1‑100 (MQ=255) tAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGAc < 1:1582003/100‑1 (MQ=255) tAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGAc > 1:2170461/1‑100 (MQ=255) tAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGAc < 2:1925262/100‑1 (MQ=255) tGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTg < 1:2136632/100‑1 (MQ=255) ggTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTCGCCGCACTTCAAACAGGTGCTGGAGTAGTCGAAAGATCACGTCACCTCGAcac > 1:53/1‑95 (MQ=255) gTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGtt < 1:976705/100‑1 (MQ=255) tGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGttt < 2:1005135/100‑1 (MQ=255) tGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGttt > 2:1616676/1‑100 (MQ=255) gcTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctgc > 2:1115359/1‑100 (MQ=255) gcTGGGCCTGGTGGAGGATAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctgc > 2:2170663/1‑100 (MQ=255) tGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTctgctg < 1:1541999/100‑1 (MQ=255) gggCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTgg < 2:1322453/100‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTggg < 2:1501877/100‑1 (MQ=255) cTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCgg < 2:1438149/100‑1 (MQ=255) gtggAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTAc > 1:2171868/1‑100 (MQ=255) ggAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAg < 1:1642017/100‑1 (MQ=255) gAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTACTGGGCGGTACAgg < 1:2034859/100‑1 (MQ=255) tAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCcgcg > 1:71467/1‑100 (MQ=255) atgatgTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCt < 1:386020/100‑1 (MQ=255) tgatgTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTc < 2:591186/100‑1 (MQ=255) tgatgTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTc < 1:1222289/100‑1 (MQ=255) atgTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCaa < 1:56789/100‑1 (MQ=255) atgTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCaa < 2:705142/100‑1 (MQ=255) gTCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACCGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAata < 2:1003740/100‑1 (MQ=255) tCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAatat < 1:1217043/100‑1 (MQ=255) tCGCTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAatat < 2:1608270/100‑1 (MQ=255) tCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGAGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAatat > 1:527821/1‑100 (MQ=255) gCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGCGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCCCGCTCAATATcc > 2:2095999/1‑100 (MQ=255) cTTACTGGTCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACTCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATcc < 2:1744650/99‑1 (MQ=255) cTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCct > 2:1443516/1‑100 (MQ=255) cTTACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCct > 2:466564/1‑100 (MQ=255) tACTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCctct < 2:1744936/100‑1 (MQ=255) aCTGGCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTa > 2:2213804/1‑100 (MQ=255) ggCCGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACgg > 2:1053759/1‑100 (MQ=255) ccGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCa > 1:1486988/1‑100 (MQ=255) ccGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCa > 1:905266/1‑100 (MQ=255) cGCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAt > 2:311423/1‑100 (MQ=255) gCAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCAtt > 1:1184524/1‑100 (MQ=255) cAGTTCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTc > 2:1760773/1‑100 (MQ=255) aGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTcc < 1:1838874/100‑1 (MQ=255) | GAAGATATTCAGGATCAGAACTTTGACGGTTTGATTGTAACTGGTGCGCCGCTGGGCCTGGTGGAGTTTAATGATGTCGCTTACTGGCCGCAGATCAAACAGGTGCTGGAGTGGTCGAAAGATCACGTCACCTCGACGCTGTTTGTCTGCTGGGCGGTACAGGCCGCGCTCAATATCCTCTACGGCATTCC > NC_000913/4214556‑4214746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |