| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 737,994 | A→T | 27.5% | intergenic (+33/‑98) | ybfL → / → ybfD | pseudogene, DDE domain transposase family;putative factor; Not classified; putative receptor protein/H repeat‑associated putative transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 737,994 | 0 | A | T | 27.5% | 180.3 / 75.8 | 105 | intergenic (+33/‑98) | ybfL/ybfD | pseudogene, DDE domain transposase family;putative factor; Not classified; putative receptor protein/H repeat‑associated putative transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/43); new base T (16/13); total (49/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTTCTTACATAATTAAGGAGAACAAAAT > NC_000913/737895‑738093 | gATGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCa < 2:327185/100‑1 (MQ=255) aTGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCAt > 1:1768571/1‑100 (MQ=255) tGCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCttt < 1:1600846/100‑1 (MQ=255) gCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCAttt > 2:113499/1‑100 (MQ=255) gCGAAAAGCAGCCATGGATAGAAAATATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCAttt < 1:218176/100‑1 (MQ=255) cGAAAAGCAGCCATGGATAGAAACTATCTCGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCTtttt > 1:409201/1‑100 (MQ=255) 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1:1927684/100‑1 (MQ=255) tcGCGTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCttatt < 1:1047407/100‑1 (MQ=255) cgcgTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCttatta < 1:2047444/100‑1 (MQ=255) cgTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTAcc < 1:1965956/100‑1 (MQ=255) cgTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTAcc < 2:80549/100‑1 (MQ=255) cgTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTAcc > 1:1489806/1‑100 (MQ=255) gTCAGTCCTTGCGGGGAGCGGGCTTTCGTAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCt < 1:120814/100‑1 (MQ=255) tCAGTCCTTGCGGGGAGCGTGCATACATAATCTTTCCCTGCTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGCTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTg > 2:55756/1‑100 (MQ=21) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |