| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 848,231 | A→G | 36.5% | intergenic (‑227/+177) | glnH ← / ← dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein; stress‑inducible DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 848,231 | 0 | A | G | 36.5% | 66.9 / 84.5 | 87 | intergenic (‑227/+177) | glnH/dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein; stress‑inducible DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base G (13/18); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
CAATACCCTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTG > NC_000913/848134‑848330 | cAATACCCTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACa > 1:2202335/1‑100 (MQ=255) aaTACCCTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACaa < 1:1663588/100‑1 (MQ=255) aCCCTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCt < 2:1605089/100‑1 (MQ=255) aCCCTGAAGATGCACCATTATGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAACCCTGATGAAAAAGCAATc > 2:299925/1‑99 (MQ=255) ccTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCttt < 2:1184357/100‑1 (MQ=255) ccTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCttt > 1:1698806/1‑100 (MQ=255) ccTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCttt > 1:728270/1‑100 (MQ=255) tGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTAt < 2:466474/100‑1 (MQ=255) tGAAGATGCACCAGTCTGGGGCACCAATCTTGTGGGCTAAAATTGTGTAGTCAACACAGTTATTATTGAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTAt < 2:2238310/100‑1 (MQ=255) tGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACg < 1:21736/100‑1 (MQ=255) tGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGATAAAATTGTTCACTCAACACAGTGATTATTTAGAGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAAc > 2:1720202/1‑99 (MQ=255) gCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGa > 1:180658/1‑100 (MQ=255) naCCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGAt > 2:903941/2‑100 (MQ=255) aCCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGAtt < 2:348618/100‑1 (MQ=255) cATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGTTGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATtg > 1:1692433/1‑99 (MQ=255) aTTCTGGGGCACCAATCTGTTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTATCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATtgtg < 2:454180/100‑1 (MQ=255) aTTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATtgtg < 1:1938956/100‑1 (MQ=255) aTTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATtgtg > 2:1632107/1‑100 (MQ=255) ttCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATtgtgt < 1:13528/100‑1 (MQ=255) tCTGAGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATtgtgtg < 1:1178395/100‑1 (MQ=255) gggCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGtgatga > 2:2119710/1‑100 (MQ=255) ggCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGCTGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTgatgat > 1:68999/1‑100 (MQ=255) gCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGatgatg < 1:1134731/100‑1 (MQ=255) ccAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGGTTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTATGTGatgatg > 2:1383397/1‑97 (MQ=255) ccAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTgg > 2:844050/1‑100 (MQ=255) tcttGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATa < 2:230188/97‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATaaga > 1:230188/1‑97 (MQ=255) cgcTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAAt > 2:1826760/1‑100 (MQ=255) cgcTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAAt > 1:1114836/1‑100 (MQ=255) gcTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAAtt > 2:1592950/1‑100 (MQ=255) gcTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAAtt > 2:1712728/1‑100 (MQ=255) cTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATATTTATCTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAAt > 2:1878595/1‑98 (MQ=255) cTAAAATTGTGCACTCAAAACAGTGATTATTTAGCGTAAAACATTAGGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGAGACAAAAAAttt < 2:433460/100‑1 (MQ=255) cTAAAATTGAGCCCTCAAAAAAGTGATTATTTAGCTTAAAACCTAATGAAGAATCAATATTTATGTAACGATTGTGTGATGAGGTGGATACAAAAAAt < 2:1879673/98‑1 (MQ=255) aaaaTTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTAc > 1:1119355/1‑100 (MQ=255) aaaTTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACt > 2:2059873/1‑100 (MQ=255) aaaTTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACt < 1:650440/100‑1 (MQ=255) aaTTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACtt < 2:1271538/100‑1 (MQ=255) ttGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTaa < 1:1961145/100‑1 (MQ=255) tgCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACTATTTTGTTATGATGTTGATACAAAAAATTTACTTAATc < 2:839711/99‑1 (MQ=255) gCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACCATCTTTATGTAACGATTGTGTGTTGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAAtaa > 1:646566/1‑97 (MQ=255) cACTCAACACCGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTCATAATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGc < 2:1469107/100‑1 (MQ=255) cACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGc < 1:1989829/100‑1 (MQ=255) cACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGc < 1:188509/100‑1 (MQ=255) ctaaaCACAGTGATTATTTAGCTTAAAACCTAATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGc < 2:2043443/95‑1 (MQ=255) cTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTg < 2:387171/100‑1 (MQ=255) cTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCt > 1:724429/1‑99 (MQ=255) tCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTgg < 1:1452335/100‑1 (MQ=255) cAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGga > 2:1348407/1‑100 (MQ=255) cAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGga > 1:956291/1‑100 (MQ=255) cAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGga < 1:621323/100‑1 (MQ=255) aaCACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGgag < 1:1769805/100‑1 (MQ=255) aaCACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGgag < 1:2148795/100‑1 (MQ=255) cacaGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGAt > 2:1650467/1‑100 (MQ=255) cacaGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGAt > 2:2163037/1‑100 (MQ=255) aGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGc < 1:844050/100‑1 (MQ=255) gTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGACGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCa > 2:1058740/1‑100 (MQ=255) gATTATTTAGCGTAAAAACTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAga < 2:1744093/100‑1 (MQ=255) attattTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgat < 1:240195/100‑1 (MQ=255) attattTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgat < 1:1627495/100‑1 (MQ=255) ttattTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatg < 2:956289/100‑1 (MQ=255) tattTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgg < 1:2236707/100‑1 (MQ=255) tattTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAgatgg < 1:75385/100‑1 (MQ=255) tAGCGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGc < 1:2222013/100‑1 (MQ=255) tAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGc < 2:1698795/100‑1 (MQ=255) cGTAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACt < 1:2006737/100‑1 (MQ=255) cGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACt > 1:1605407/1‑100 (MQ=255) cGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACt > 1:1184028/1‑100 (MQ=255) cGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCACCTGGAGATAGCAGATGTACGCAc > 1:2146785/1‑99 (MQ=255) gTAAAACCTGATNAAAAAACAATCTTGATGTAAAGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTGAACCAGCTTGTGATAGCAGATGGANGCACTa < 2:1255119/100‑1 (MQ=255) gTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTa > 1:190064/1‑100 (MQ=255) tAAAACCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTaa > 1:2236638/1‑100 (MQ=255) aaaCCTGATGAAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAAt < 1:794824/100‑1 (MQ=255) ccgatcttgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATa < 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gatgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGc > 1:775464/1‑100 (MQ=255) atgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCg < 1:10716/100‑1 (MQ=255) tgaAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACATAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGc > 2:1237672/1‑98 (MQ=255) tgaAAAAGCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATATGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGCTCACCGATGGATGCACTTAATAAGTTCGt > 2:1196278/1‑100 (MQ=255) tgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAgatcgg > 1:1206359/1‑95 (MQ=255) tgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGt > 1:1497452/1‑100 (MQ=255) aaaaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTg < 2:1000893/100‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgg < 1:1438719/100‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAgg < 2:1529674/100‑1 (MQ=255) aaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGt > 1:1530974/1‑100 (MQ=255) aCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTg < 1:1592961/100‑1 (MQ=255) | CAATACCCTGAAGATGCACCATTCTGGGGCACCAATCTGGTGCGCTAAAATTGTGCACTCAACACAGTGATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTG > NC_000913/848134‑848330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |