| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,156,112 | T→C | 74.5% | A117A (GCT→GCC) | holB → | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,156,112 | 0 | T | C | 74.5% | 113.5 / 44.3 | 75 | A117A (GCT→GCC) | holB | DNA polymerase III, delta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/11); new base C (26/29); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
AAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGA > NC_000913/1156015‑1156207 | aaaaTACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGAtgctgc < 1:565854/100‑1 (MQ=255) aaaTACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGcc < 1:1536172/100‑1 (MQ=255) tACGCTTGGTGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTa < 1:1332499/100‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTa < 2:2226466/99‑1 (MQ=255) aCGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTAc > 2:1373344/1‑100 (MQ=255) cTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTaa > 1:13406/1‑100 (MQ=255) ggCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCg > 2:244629/1‑100 (MQ=255) ggCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCg > 1:1870610/1‑100 (MQ=255) gCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAATCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGa < 2:78238/100‑1 (MQ=255) ttGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGAcgc > 1:1578565/1‑100 (MQ=255) tGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGTTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGAcgcc < 1:563390/100‑1 (MQ=255) gATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGAcgccg > 2:486794/1‑100 (MQ=255) gCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCgg < 1:1391468/100‑1 (MQ=255) cGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGc > 1:1215603/1‑100 (MQ=255) cGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGc < 1:1109963/100‑1 (MQ=255) ggTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCt > 1:1427253/1‑100 (MQ=255) ggTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGcn < 2:1033100/100‑2 (MQ=255) aCGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGGGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAAc < 1:1903628/100‑1 (MQ=255) gTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGc > 1:620385/1‑100 (MQ=255) gttCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCAt < 2:1359898/96‑1 (MQ=255) ggTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGGTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGATAACGCATTg > 2:1470401/1‑100 (MQ=255) ggTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTg > 2:1125474/1‑100 (MQ=255) gTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGc > 2:588215/1‑100 (MQ=255) tCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCt < 1:2090073/100‑1 (MQ=255) tCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCAAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGc > 2:1108722/1‑99 (MQ=255) cACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTg > 2:153589/1‑100 (MQ=255) aCCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGa < 2:818224/100‑1 (MQ=255) ccGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTCACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGa > 2:1647681/1‑99 (MQ=255) ccGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaa < 1:464459/100‑1 (MQ=255) gAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaaaa > 1:1989163/1‑100 (MQ=255) gAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGaaaa < 2:2044222/100‑1 (MQ=255) aaaaGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAAc > 1:214724/1‑100 (MQ=255) aGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCt > 2:1907952/1‑100 (MQ=255) gCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCtt < 1:989546/100‑1 (MQ=255) cTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTg < 1:1036877/100‑1 (MQ=255) tGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGa > 2:832418/1‑100 (MQ=255) tGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGa < 2:782814/100‑1 (MQ=255) gAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGaa < 1:2144082/100‑1 (MQ=255) gAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGaa > 2:1227831/1‑100 (MQ=255) gAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCAGAAAACGCTTGaa > 1:966394/1‑100 (MQ=255) aTGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAaga < 2:738695/100‑1 (MQ=255) aTGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAag > 1:930421/1‑99 (MQ=255) tGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAATCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAagag < 2:1190214/100‑1 (MQ=255) tGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAagag < 1:1620556/100‑1 (MQ=255) tGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAagag < 1:1464385/100‑1 (MQ=255) aGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc < 2:500428/100‑1 (MQ=255) aGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc < 2:1192746/100‑1 (MQ=255) aGCACGCACGCTTAGGAGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc > 2:792675/1‑100 (MQ=255) gcacgcacGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcca > 1:252955/1‑100 (MQ=255) gcacgcacGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGcc < 1:688286/99‑1 (MQ=255) acgcacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacc < 2:768930/100‑1 (MQ=255) acgcacgcTTAGGTGATGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacc > 2:956008/1‑100 (MQ=255) cgcacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGccacca > 1:1193419/1‑100 (MQ=255) cacgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTCACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACcag > 1:1063978/1‑99 (MQ=255) acgcTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTCGAAGAGCCACcagca > 1:2218690/1‑100 (MQ=255) cTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAACACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGaa < 2:1187851/100‑1 (MQ=255) tAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAAc < 2:15303/100‑1 (MQ=255) tgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGttt > 2:1839812/1‑100 (MQ=255) tgCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGttt > 1:957411/1‑100 (MQ=255) cGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGACGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGttttt > 1:1516583/1‑100 (MQ=255) aaaGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTcc < 2:1989149/100‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTcc < 2:58993/100‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTcc < 1:835707/100‑1 (MQ=255) aaaGTCGTTTGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTcc < 2:836608/100‑1 (MQ=255) aGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTg < 1:954677/100‑1 (MQ=255) gTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTgg < 1:1745594/100‑1 (MQ=255) tttGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTAc < 1:229509/100‑1 (MQ=255) ttGGGTAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTAcc < 1:1061670/100‑1 (MQ=255) gggTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCcg > 1:1848237/1‑100 (MQ=255) tAACCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGa > 1:764328/1‑100 (MQ=255) aaCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAg < 2:13406/100‑1 (MQ=255) aaCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAg < 1:1369719/100‑1 (MQ=255) aCCGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGTTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGTTTTTTCCTGGCTACCcgcg < 2:802744/97‑1 (MQ=255) cGATGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCt > 2:744464/1‑100 (MQ=255) aTGCCGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGa < 1:335908/100‑1 (MQ=255) aTGCAGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTg < 1:399468/99‑1 (MQ=255) | AAAATACGCTGGGCGTTGATGCGGTACGTGAGGTCACCGAAAAGCTGAATGAGCACGCACGCTTAGGTGGTGCGAAAGTCGTTTGGGTAACCGATGCTGCCTTACTAACCGACGCCGCGGCTAACGCATTGCTGAAAACGCTTGAAGAGCCACCAGCAGAAACTTGGTTTTTCCTGGCTACCCGCGAGCCTGA > NC_000913/1156015‑1156207 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |