| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,221 | C→T | 68.1% | A106V (GCC→GTC) | eco → | ecotin, a serine protease inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,221 | 0 | C | T | 68.1% | 77.2 / 56.8 | 75 | A106V (GCC→GTC) | eco | ecotin, a serine protease inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/11); new base T (21/30); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
CGTCTCGGCGGGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTA > NC_000913/2304124‑2304317 | cGTCTCGGCGTGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGcc < 2:1773024/99‑1 (MQ=255) gTCTCGGCGGGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTg > 1:1989256/1‑100 (MQ=255) gacgagAAGCTGGAAAACAAATCGATGGAAGGATGAGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCTACGATGATGGTCTGct < 2:1978974/92‑2 (MQ=255) gggAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATg < 1:2170487/100‑1 (MQ=255) aaGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCa < 1:2051499/100‑1 (MQ=255) cTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaaga > 2:872413/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaaga > 2:1483646/1‑100 (MQ=255) cTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTAGATAAAGTCAGTTAACGGGTTTCAAGGATGATGGTCTGCCCGGATGGcga > 2:416426/1‑96 (MQ=255) tGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCCACGATGATGGTCTGCCACGATGGCaagaa > 1:967446/1‑100 (MQ=255) tGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaa < 1:556399/100‑1 (MQ=255) ggAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaa > 2:2044247/1‑100 (MQ=255) gAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCaagaaag < 1:2000760/100‑1 (MQ=255) aaaacaaaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCaagaaag < 2:826448/99‑1 (MQ=255) aaacaaaacGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTTAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAagag < 2:731514/100‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAAtt < 1:1338844/100‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAAt < 1:1850002/99‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 1:380814/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 1:1876776/100‑1 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg > 1:1862672/1‑100 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg > 1:295818/1‑100 (MQ=255) cTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTg < 2:1400045/100‑1 (MQ=255) atagaaaaatGGAGCTATTATTATTAAGACATTAACAAACTCAGTTCTCAGGTATCAACGAAGACGGTCAGCCCGGATGGCAAGAAAAAGAAAAAATTTg < 2:1469303/91‑1 (MQ=255) tGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGt < 2:23591/100‑1 (MQ=255) ggAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGTGAAGAAATTTgac < 1:1520448/100‑3 (MQ=255) ggAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTc > 1:2037408/1‑100 (MQ=255) gAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCa > 2:1297149/1‑100 (MQ=255) agggatGGGGCTATGATTATTATGTTTTTGATAAAGTCAGTTCCACGGTTTCAACAATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCAc < 2:2156094/95‑1 (MQ=255) ggCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACcg < 2:388003/100‑1 (MQ=255) gggCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTAt > 2:374897/1‑100 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc < 1:1106994/100‑1 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc < 1:1107027/100‑1 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc < 2:2037394/100‑1 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc > 2:2094389/1‑100 (MQ=255) tGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTAAACGATGATAGTCTGCACGGATGGCAAGAACGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTggg > 2:2237200/1‑99 (MQ=255) gATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCg > 2:485680/1‑100 (MQ=255) gATTAGTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCTCGGTTTAAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGc < 2:1509644/99‑1 (MQ=255) ttattaTGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGAt > 1:1186023/1‑100 (MQ=255) attatGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGc < 2:2001945/100‑1 (MQ=255) tatGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTg < 1:2009382/100‑1 (MQ=255) atGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGATTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTgg < 2:1398885/100‑1 (MQ=255) gTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGaa > 1:1635812/1‑100 (MQ=255) tCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGATTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGaa > 2:399287/1‑99 (MQ=255) cTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtg > 1:500381/1‑100 (MQ=255) tttGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgc > 2:1146707/1‑100 (MQ=255) ttGATAAAGCCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGTCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCTCCGCGTATCTGGGCGATTCTGGAAtgct < 2:1872623/100‑1 (MQ=255) aTAAAGTCAGTTTCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGAGGCTGGAAtgctgc < 1:805853/99‑1 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGt > 2:1212263/1‑100 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGt < 2:1180994/100‑1 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGt > 2:1416361/1‑100 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCg < 1:874810/99‑1 (MQ=255) tAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGt > 1:1914130/1‑100 (MQ=255) aaaGTCAGTTCCCCGGTTTTAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAAtgctgc < 2:1513012/97‑1 (MQ=255) aaaGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATTATGGTCTGCCCGAAAGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGGGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGtt < 2:1082117/100‑1 (MQ=255) aaaGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATTGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTTATCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGtt < 2:253016/100‑1 (MQ=255) aaGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTa < 2:2192311/100‑1 (MQ=255) aGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTac > 1:1221258/1‑100 (MQ=255) aGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATTGCAAGAAAGAGAAGAAAGTTGTCATCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTac < 2:283317/100‑1 (MQ=255) aGTCAGTTACCCGGTTTCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTac < 2:1729803/100‑1 (MQ=255) tCAGTTCACCGGTTACAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTacaa < 2:1977479/100‑1 (MQ=255) aGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTacaa < 1:577514/98‑1 (MQ=255) tCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCa > 2:697387/1‑100 (MQ=255) ccccGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCaa > 1:1057651/1‑100 (MQ=255) tttCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGcc < 1:1921303/100‑1 (MQ=255) tttCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGcc > 2:890564/1‑100 (MQ=255) ttCAACGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGcc < 2:2084992/99‑1 (MQ=255) tCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGa > 2:959099/1‑100 (MQ=255) aaCGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGAt < 1:892879/99‑1 (MQ=255) aaCGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATc > 2:1153005/1‑100 (MQ=255) aCGATGATGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCg > 1:229208/1‑100 (MQ=255) aCGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATca > 2:654836/1‑99 (MQ=255) aCGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCg > 2:986254/1‑100 (MQ=255) aCGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCg > 2:986279/1‑100 (MQ=255) gatgatGGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCgtg < 1:1028987/100‑1 (MQ=255) atgatgGTCTGCCCGGATGGCAAGACAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTTGGCGCTTCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAGGATGCAGa > 2:1865457/1‑94 (MQ=255) tgGTCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGta > 2:1679945/1‑100 (MQ=255) tgGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACAGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGta < 2:696650/100‑1 (MQ=255) | CGTCTCGGCGGGAAGCTGGAAAACAAAACGCTGGAAGGCTGGGGCTATGATTATTATGTCTTTGATAAAGTCAGTTCCCCGGTTTCAACGATGATGGCCTGCCCGGATGGCAAGAAAGAGAAGAAATTTGTCACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTA > NC_000913/2304124‑2304317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |