| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,353,249 | T→C | 20.5% | H201H (CAT→CAC) | glpA → | anaerobic sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, large FAD/NAD(P)‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,353,249 | 0 | T | C | 20.5% | 118.7 / 26.6 | 63 | H201H (CAT→CAC) | glpA | anaerobic sn‑glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase, large FAD/NAD(P)‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/25); new base C (8/5); total (33/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTG > NC_000913/2353153‑2353348 | tACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCa > 1:1899384/1‑100 (MQ=255) ccGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCAcc < 2:1257217/100‑1 (MQ=255) gCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTg > 2:1613754/1‑100 (MQ=255) cATGAAGTCACGGGGCTGTTTCGTTAAGGCGCGACGGTGTGCGGTTTTCGTGTACTTAACCATCTCACCGGCGAATTTCAGGCTCTTTACGCACCTGTCg < 2:1110641/100‑1 (MQ=255) cATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCg > 1:1002763/1‑100 (MQ=255) cATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCg > 2:364258/1‑100 (MQ=255) cATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCg < 2:1854692/100‑1 (MQ=255) cATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCg > 1:2098245/1‑100 (MQ=255) aTGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGt > 2:1548653/1‑100 (MQ=255) tCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTaa < 2:1769160/100‑1 (MQ=255) cGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGc < 2:1904119/100‑1 (MQ=255) tGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTTACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTgg < 1:1257979/100‑1 (MQ=255) gATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTggg > 1:674342/1‑100 (MQ=255) cGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGa > 1:232520/1‑97 (MQ=255) cGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCt < 1:1020827/100‑1 (MQ=255) cGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCt > 1:1327005/1‑100 (MQ=255) gTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTg > 1:849569/1‑100 (MQ=255) tGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTgg < 2:93002/100‑1 (MQ=255) gAAGGCGCGACGGTGCGCGGTGTTCGTGTAAGTAAACATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGCTc > 2:309748/1‑96 (MQ=255) aGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTggggg < 1:61262/100‑1 (MQ=255) ggCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTggggg < 2:2187696/99‑1 (MQ=255) gcgcGACGTTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCa < 2:1987740/100‑1 (MQ=255) cgcgACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCaa > 1:2180103/1‑100 (MQ=255) cgcgACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCaa > 2:221939/1‑100 (MQ=255) cgcgACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGCATCTggcggc > 2:1317158/1‑98 (MQ=255) gcgACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCGCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAac < 1:715482/100‑1 (MQ=255) ggTATGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCATCTGTTGTGGTTAATGCCGCTTGGATCTGGTGGCAACACAtt < 2:741359/100‑1 (MQ=255) tgtgCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCTCCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACAAATTGc < 2:813121/100‑1 (MQ=255) tgCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCTAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCg < 2:562038/100‑1 (MQ=255) gCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGcc > 1:2007360/1‑98 (MQ=255) cGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGaa < 2:1418242/100‑1 (MQ=255) ggTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGatt < 1:2077103/100‑3 (MQ=255) ggTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAat > 1:2090504/1‑100 (MQ=255) gtgtTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAata > 2:2234756/1‑100 (MQ=255) gtTTGTGTACGTAACCATCTCACCGGAGAAACTCAGTCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATg < 2:533060/100‑1 (MQ=255) gtTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATg > 1:1493328/1‑100 (MQ=255) cGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCg > 2:720190/1‑100 (MQ=255) gtgtACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGa < 2:1757887/100‑1 (MQ=255) gtgtACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTAGAGGAAACACATTGCCGAATATGCCGa > 1:73074/1‑100 (MQ=255) gtgtACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCACTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGa < 2:1192398/100‑1 (MQ=255) gtgtACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGa < 2:1302165/100‑1 (MQ=255) aCGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTg > 1:366241/1‑100 (MQ=255) cGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTgc > 1:1097710/1‑100 (MQ=255) cGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTgc > 2:1862321/1‑100 (MQ=255) gTACCCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTATCGTGCTTCATGCCGCTGGGATCTCGGGGCAACACATTGCCGAATATccc > 2:2083192/1‑92 (MQ=255) tAACCAGCTCACCGGCGAAACTCAGGCGCGTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTgcgc < 1:2036903/100‑1 (MQ=255) tcACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCAt > 1:93664/1‑100 (MQ=255) tcACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCAt > 2:285191/1‑100 (MQ=255) cACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCAt > 2:2147721/1‑99 (MQ=255) cACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATg > 2:1882913/1‑100 (MQ=255) ggCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGGATTCGCATGTTcc > 2:949415/1‑100 (MQ=255) gCGAAACTCAGGCCCTTCATGCCCCTGTGGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTccc > 1:972276/1‑100 (MQ=255) aaCTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCg < 1:720190/100‑1 (MQ=255) cTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGaa > 2:1588766/1‑100 (MQ=255) cTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGaa > 2:636892/1‑100 (MQ=255) cAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAg < 1:221939/100‑1 (MQ=255) cAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAg < 1:558200/100‑1 (MQ=255) cAGGCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAg < 1:1951256/100‑1 (MQ=255) ggCCCTTCACGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGa > 2:1612175/1‑100 (MQ=255) ccTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTTGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCg < 1:1872288/100‑1 (MQ=255) cTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCgc < 1:1285935/100‑1 (MQ=255) cATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCgctgc < 2:348043/100‑1 (MQ=255) cATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCgctgc < 2:1046523/100‑1 (MQ=255) tGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGctgctg < 1:941992/100‑1 (MQ=255) tGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGACGAAAGGATCGctgctg > 1:505278/1‑100 (MQ=255) | TACCGCTCATGAAGTCACGGGGCTGATTCGTGAAGGCGCGACGGTGTGCGGTGTTCGTGTACGTAACCATCTCACCGGCGAAACTCAGGCCCTTCATGCACCTGTCGTGGTTAATGCCGCTGGGATCTGGGGGCAACACATTGCCGAATATGCCGATCTGCGCATTCGCATGTTCCCGGCGAAAGGATCGCTGCTG > NC_000913/2353153‑2353348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |