| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,410,053 | (T)9→8 | intergenic (+47/‑80) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,410,045 | 0 | T | . | 96.1% | 526.9 / 15.2 | 129 | intergenic (+39/‑88) | rlmB/yjfI | 23S rRNA mG2251 2'‑O‑ribose methyltransferase, SAM‑dependent/DUF2170 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base . (69/54); total (74/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATG > NC_000913/4409946‑4410140 | ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt < 1:944623/100‑1 (MQ=255)ccTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGt > 2:3050585/1‑100 (MQ=255) cTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtt > 2:2642251/1‑100 (MQ=255) tGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttt > 2:1434231/1‑100 (MQ=255) tGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGctt < 2:349290/100‑1 (MQ=39) aaCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAAATCTGGATGGctttt < 2:3043182/100‑1 (MQ=255) aaCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGctttt < 1:1190522/100‑1 (MQ=38) aCGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttt < 1:1840370/100‑1 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:700624/1‑100 (MQ=255) cGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttt > 2:576753/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 1:2859413/1‑100 (MQ=255) gTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 1:351612/1‑100 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttt > 2:612491/1‑100 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg > 1:2080323/1‑99 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGtttttttt > 2:1010668/1‑99 (MQ=255) tttCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCAGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttg < 1:296516/100‑2 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 1:1931868/100‑4 (MQ=255) tCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGttttttttgtc < 2:1017644/100‑4 (MQ=255) cGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAACCATCCAAATCTGGATGGcttttcataatt < 1:2986505/100‑8 (MQ=25) ggTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCta > 1:5388/1‑100 (MQ=255) gTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCtat > 1:2701829/1‑100 (MQ=255) cGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGc > 1:2629991/1‑99 (MQ=255) aCCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTgg < 2:2558676/100‑1 (MQ=255) aCCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTgg < 2:1773129/100‑1 (MQ=255) ccGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGt < 2:1988722/100‑1 (MQ=255) cGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTa > 1:2270008/1‑100 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTa < 1:1129809/99‑1 (MQ=255) ggAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑‑TTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 1:36127/100‑1 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg > 2:2035694/1‑100 (MQ=255) gAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 2:2412791/100‑1 (MQ=255) gAATTTGCTGATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAg < 2:2841264/100‑1 (MQ=255) ttGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATaa > 1:2920976/1‑100 (MQ=255) tGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAt > 2:1201806/1‑100 (MQ=255) gCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAAtt < 1:588135/100‑1 (MQ=255) cttccgatctgCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa < 1:1376926/90‑1 (MQ=255) cTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTa > 1:1453807/1‑100 (MQ=255) tATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACg < 1:1717139/100‑1 (MQ=255) aTTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGt > 1:1241387/1‑100 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGTATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTa < 2:958524/100‑1 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTa > 2:2672958/1‑100 (MQ=255) tttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTa > 2:300507/1‑100 (MQ=255) ttGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTAt < 1:2642288/100‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTAtt > 1:2227716/1‑99 (MQ=255) gCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTaagatcggaag > 2:1376913/1‑90 (MQ=255) gCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCaa > 2:100270/1‑100 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat < 1:2510930/100‑1 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat > 1:1661200/1‑100 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat > 1:2703820/1‑100 (MQ=255) ggTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAat > 1:2399907/1‑100 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc < 2:2844911/100‑1 (MQ=255) cgcCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTc > 1:2436437/1‑100 (MQ=255) gcCAGCGAAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCa < 2:2497389/100‑1 (MQ=255) gcgcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCAtttt < 2:639370/100‑1 (MQ=255) gcAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCGGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTttat > 1:2146870/1‑100 (MQ=255) aaTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAat < 1:1038168/99‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAatat > 2:2405267/1‑100 (MQ=255) aTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATAtt > 2:533090/1‑100 (MQ=255) aTTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATAtt < 1:2208610/100‑1 (MQ=255) ttCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTGTTTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTa 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aTTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAatatat > 1:135435/1‑100 (MQ=255) aTTTGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATg < 2:1934732/100‑1 (MQ=255) ttGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGAc < 2:835007/100‑1 (MQ=255) tGGATGG‑TTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACa > 1:1915757/1‑100 (MQ=255) | CCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGGTTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATG > NC_000913/4409946‑4410140 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |