| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,634,949 | 0 | G | C | 37.0% | 49.9 / 29.5 | 27 | A300G (GCT→GGT) | stfQ | Qin prophage; putative side tail fibre assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/8); new base C (0/10); total (9/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.83e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
TCATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTGCAGCAG > NC_000913/1634870‑1635048 | tCATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacg < 1:57461/100‑5 (MQ=1)tCATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacg < 2:1147152/100‑5 (MQ=1) cATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgc < 2:2250310/100‑6 (MQ=1) cATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgc < 2:1529580/100‑6 (MQ=1) aTTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcg < 2:1441534/100‑7 (MQ=1) aTTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcg < 2:1166819/100‑7 (MQ=1) ttCTGGATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcgg < 2:2366703/100‑8 (MQ=1) ttCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcgg < 2:2776639/100‑8 (MQ=1) ttCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcgg < 1:1870240/100‑8 (MQ=1) ttCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCATCACCGTTAACGCTGCTGgtaacgcgg < 1:2186886/100‑8 (MQ=1) atacAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTGTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGc < 2:311471/97‑1 (MQ=0) aCGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTAtgtg > 2:2651193/1‑100 (MQ=31) aCGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTAtgtg < 2:22667/100‑1 (MQ=31) cGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGc > 2:2152380/1‑100 (MQ=32) ggTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGcn < 1:2494025/100‑2 (MQ=17) ggTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCa > 2:455256/1‑100 (MQ=33) gtgtTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCAt > 1:1137454/1‑100 (MQ=35) gtTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATgc > 1:1559450/1‑100 (MQ=38) gcgTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTg < 1:2189479/100‑1 (MQ=255) gcgTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTg < 1:2325501/100‑1 (MQ=255) cgTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTgc < 2:2474753/100‑1 (MQ=255) cgTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTgc > 2:2319434/1‑100 (MQ=255) cgTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTgc > 2:2319354/1‑100 (MQ=255) gTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTgcg > 1:429621/1‑100 (MQ=255) tACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCt < 1:1727601/100‑1 (MQ=255) tACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCt < 2:2210975/100‑1 (MQ=255) aCCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCtt > 2:1008547/1‑100 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc > 1:2370716/1‑100 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc < 1:1148347/100‑1 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc > 1:2370730/1‑100 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc < 1:2646324/100‑1 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc > 2:1230976/1‑100 (MQ=255) cagcagCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgc > 1:936254/1‑100 (MQ=255) cagcGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTgcacatactgt < 1:273472/100‑10 (MQ=255) agcGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTgcagca > 2:2232038/1‑100 (MQ=255) gcGTAAACGGGGATGGTGTGTCCATGTGAACCAACCGCAACGGAGTGCGTAGGAGCACCAATACCGACAGTATTTGCATGCGCGCCTGCGCTTGcagcag < 2:1462676/100‑1 (MQ=14) | TCATTCTGAATGCCATTATGCAAGCCTCACAATATAGTTAAATGCGATGTTTTTGACGGTGTTTTCCGCGTTACCAGCAGCGTTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCATGCGCGCCTGCGCTTGCAGCAG > NC_000913/1634870‑1635048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |