Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,309,222 | 0 | G | T | 20.8% | 330.3 / 19.4 | 149 | E37* (GAA→TAA) | tonB | membrane spanning protein in TonB‑ExbB‑ExbD transport complex |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/60); new base T (31/0); total (89/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-08 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TACGTTATTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAAC‑CGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATC > NC_000913/1308924‑1309517 | cGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACctgcgcctgcgc < 1:763506/300‑1 (MQ=255) aaGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTTCTCTATACCCCGGTACATCAGGTTATTTGACTAcct > 1:389613/1‑288 (MQ=255) gATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCCGTACCTCAGGTTGTTGAACTAACTGCGCCTGCGCAgtc > 1:998314/1‑298 (MQ=255) cAACGGAAAGATGATGGCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAACATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCAGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGAtt < 2:1387257/298‑1 (MQ=255) 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ggTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCCCGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCGCTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGCGGTAGAGCCAGAACCGCAAACTGAGACGATCCCCGAAC‑CGCCAAAACAAGCACCGGTGGTCATTCAAACG‑CCGAAGCCGAAAACTAAGCCCAACCACAAGCCGGTGAAAGAGGCACCGGAGACACCGAAAAGCGACTTCCACCACGTACAGTCGATGCCGGCTACACCGttggcgcaaacagcaaccaaactcattgca > 2:732258/1‑273 (MQ=255) ggTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAATCAGCTCAGCCTCCACCGG‑AGCCTGTGGCAGAGCCAGAACCGGCACCTGAGCCGGTCCCCGACC‑CGCCAAAAGACGACCCCGTTGACATAGAAAAG‑CCGCATCCGCAACCGAAGCCAAAACACCAGACGGCGCACAAGGTACAGCAGCAGCCAAATCCCCATTTCAAACCCGTACAGGCCCGCCCCGCCTCTCCGctttcacagaaggtcccg > 2:1184254/1‑274 (MQ=255) ggTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAAC‑CGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCAGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTg > 2:1032967/1‑298 (MQ=255) ggTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAAC‑CGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGGGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCAacgccacgccgg > 2:1278616/1‑296 (MQ=255) ttATTGAACTACCTGCGCCGGCGCAGCCGATTGCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGAGCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAAC‑CGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATc < 2:505528/301‑1 (MQ=255) | TACGTTATTTGAAAGGGCGAAGATCTGCAACGGAAAGATGATGTCTTTGTTAAGGCCATGCATAAAGTAAGGGTAATTACGCCAAAAATGACATTTTCACTGATCCTGATCGTCTTGCCTTATTGAATATGATTGCTATTTGCATTTAAAATCGAGACCTGGTTTTTCTACTGAAATGATTATGACTTCAATGACCCTTGATTTACCTCGCCGCTTCCCCTGGCCGACGTTACTTTCGGTCTGCATTCATGGTGCTGTT‑GTGGCGGGTCTGCTCTATACCTCGGTACATCAGGTTATTGAACTACCTGCGCCTGCGCAGCCGATTTCTG‑TCACGATGGTTACGCCTGCTGATCTCGAACCGCCACAAGCCGTTCAGCCGCCACCGG‑AGCCGGTGGTAGAGCCAGAACCGGAACCTGAGCCGATCCCCGAAC‑CGCCAAAAGAAGCACCGGTGGTCATTGAAAAG‑CCGAAGCCGAAACCTAAGCCAAAACCGAAGCCGGTGAAAAAGGTACAGGAGCAGCCAAAACGCGATGTCAAACCCGTAGAGTCGCGTCCGGCATCACCGTTTGAAAATACGGCACCGGCACGCCTGACATC > NC_000913/1308924‑1309517 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |