New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3943227 = | 91 (1.140) | 3 (0.040) | 3/524 | 8.3 | 3.3% | noncoding (2276/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA of rrnC operon |
? | NC_000913 | 4037032 = | NA (NA) | noncoding (2266/2905 nt) | rrlA | 23S ribosomal RNA of rrnA operon | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATGATGGCCAGGCTGTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGAATGGAAGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGATAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGAGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGT > NC_000913/3942929‑3943519 | atggaggcgatgacagcacccgcggagaCTCAGTGAAAGTGAACTCGCTGGGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACTGAAAGACCCCGTGAACCTGTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACgg < 1:320560/276‑1 (MQ=11) gTCTCCACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGtt > 2:452369/1‑301 (MQ=31) ccACCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTgg > 2:371044/1‑299 (MQ=32) aCCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCAAGAAGGTTGGCTaa > 2:409126/1‑301 (MQ=14) aCCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGGTGGACTGGGGCGGTTTCCTGCTAAAGAGTAACGgaggaggcagaagggagggta > 1:563289/1‑285 (MQ=255) aCCCGAGACTCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGAACCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCGCCTAACGAGGAACGGAGGGGCACGCAGGTTGGCTaa > 1:614655/1‑301 (MQ=9) tCAGTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTc < 1:505748/300‑1 (MQ=32) gTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATcc < 2:434262/292‑1 (MQ=32) gTGAAATTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATcc > 1:434249/1‑292 (MQ=32) aTTGAACTCGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCag > 2:158292/1‑301 (MQ=31) 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cAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTGCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGGTAGTGCAATGGCAt > 1:669527/1‑299 (MQ=17) gcgGCAAGACGGAAAGGCCCCGTGAACCTTTACTATAGCGTGCCACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCGCCCTTTAATGGTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTg < 1:510059/300‑1 (MQ=12) cgGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACgg > 1:661322/1‑231 (MQ=32) cgGCAAGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACgg < 2:661340/231‑1 (MQ=32) aaGACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTg < 1:452356/299‑1 (MQ=32) gACGGAAAGACCCCGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTGTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGTTGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCTTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCGGGCGGCTAGTGCAATGGCATAAGcaatcgttactg > 1:339747/1‑286 (MQ=255) ccGTGAACCTTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGgcg > 1:334891/1‑299 (MQ=32) ttACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGCCCCGTGCTCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATACTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCAAGCTCGACTGCGAGCGTGACGGCGCGCGCAGGTGCg > 2:626990/1‑301 (MQ=9) ttACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCATTGCCATAAGCCAGCTTGACTGCGACCGTGCCGGCGCGAGCGGGTGc > 1:480616/1‑300 (MQ=12) ttACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCg > 2:243890/1‑301 (MQ=31) aCTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGa > 2:125018/1‑300 (MQ=32) gCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAgg > 1:157090/1‑301 (MQ=31) 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aCATTGAGCCTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATc > 2:99586/1‑300 (MQ=32) cTTGATGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGGCGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAAGCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTc < 1:125008/300‑1 (MQ=17) aTGTGTAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGaa > 2:92415/1‑300 (MQ=32) ggtggAGGATAGGGGGGAGGCTTTGAAGTGGGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGAAt < 1:495876/299‑1 (MQ=17) gtgtAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCATAGTGATCCGGTGGTTCTGaa > 2:495889/1‑298 (MQ=32) gtgtAGGATAGGTGGGAGGCTTTGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTGGACCCGTGATCCGGGTTGCGGACAGTGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGTCTCCTCCTAAAGAGTAACGGAGGAGCACGAAGGCTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGTTAGTGCAATGGCATAAGCCAGCTTGACTGCGAGCGTGACGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGACATAGTGACCCGGTGGTTCTGAACgg > 1:496526/1‑301 (MQ=14) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |