Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 774,634 | 0 | C→G | 14.3% | 13.4 0.0 ‑0.5 | 42 | intergenic (+32/‑118) | ybgE/ybgC | putative inner membrane protein in cydABX‑ybgE operon/acyl‑CoA thioester hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/3): ref base (19/17): total (22/20) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 3.19e-01 |
GCCGCGAAGACCAGTGAACTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGCCAGT > NC_000913/774426‑774832 | gCCGCGAAGACCAGTGAACTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGGTGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCt < 1:217061/210‑1 (MQ=255) gACCAGTGAACTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGccc < 2:47705/210‑1 (MQ=255) ccAGTGAACTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCAt > 2:460756/1‑210 (MQ=255) cTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCATAATttttt > 2:221059/1‑210 (MQ=255) cTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAAttttt > 2:420826/1‑210 (MQ=255) ggaatgcgggCATGGTTTGTTGCTGGTGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTAc < 2:27658/202‑1 (MQ=255) gAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCATAATTTTTTaaa < 2:325147/210‑3 (MQ=255) gaatcgtgCATGGTTTATTTGTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCATAATTTTTTaaag < 2:323983/203‑4 (MQ=255) aaTCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCATAATTTTTTaaaga < 1:221069/210‑5 (MQ=255) tCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTcc < 2:155967/210‑1 (MQ=255) aTTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCt < 1:255005/210‑1 (MQ=255) gacgtggctcttccgatctggCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATcgcgcgc < 1:403303/191‑1 (MQ=255) ggTGTGATTCCCGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATcgcgcgcg < 1:114708/210‑1 (MQ=255) ggTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATcgcgcgcg > 1:166590/1‑210 (MQ=255) cACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGAGCGTATAGTagc > 2:141284/1‑210 (MQ=255) ggCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATcgcgcgcagatcggaagagcgtcgtg > 2:403279/1‑191 (MQ=255) cGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAAc < 1:173309/210‑1 (MQ=255) gCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACt > 2:192902/1‑210 (MQ=255) gCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACt > 1:247330/1‑210 (MQ=255) gAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACtttt > 2:71377/1‑210 (MQ=255) tCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCa < 2:331922/210‑1 (MQ=255) cAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATAAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTACAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCgg > 1:97323/1‑210 (MQ=255) tttttGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTaaa < 1:71379/210‑1 (MQ=255) tttGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGt < 2:33283/210‑1 (MQ=255) cccATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAAt > 1:98277/1‑210 (MQ=255) ccATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATa > 1:157510/1‑210 (MQ=255) tgcCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTg > 2:191984/1‑210 (MQ=255) ccGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGtt > 1:412780/1‑210 (MQ=255) tcATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGt > 2:87854/1‑210 (MQ=255) gTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTACAAAATGATGGGCCGCTCCAGGCCAATACATTATTACGCTCCCTTAACCTGCCCTCACTCCCAAACATCACTCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTACAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTCCCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTcgcg < 2:487122/210‑1 (MQ=255) ggCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGTATGTAAAGTGAATACAACGCTGATTCGATGGCCGGTTCGCGTcta > 1:124195/1‑210 (MQ=255) ttttCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGa > 1:94167/1‑210 (MQ=255) tttCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGaa < 2:229669/210‑1 (MQ=255) gcaagttaagggagcgtAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCAT‑AATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGACACCGATGCCggt > 2:28183/17‑210 (MQ=37) cgtAAAAATTTATGGGCCTGGAGCGGCCCATAATTTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTAcc > 2:311642/3‑210 (MQ=255) aaaaaaTTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACg > 1:469396/1‑210 (MQ=255) aaaaaaTTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACg > 1:236684/1‑210 (MQ=255) aaaaaaTTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACg < 1:2125/210‑1 (MQ=255) aaaaaTTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGc > 2:154749/1‑210 (MQ=255) aaaaTTATGTGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGcc < 1:152452/210‑1 (MQ=255) aaaaTTATGGGCCGCTCCATGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGcc < 2:354591/210‑1 (MQ=255) aTTATGGGCCGCTCCAAGCCCATAAATTTTTACGCCCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGCGTGGTACACCACACCacc < 1:325172/210‑3 (MQ=255) | GCCGCGAAGACCAGTGAACTGGAAATCTGGCATGGTTTATTGCTGATGTGGGCCGTCTGTGCTGGTGTGATTCACGGCGTGGGCTTTCGTCCGCAGAAGGTTCTTTGGCAAGGGATTTTTTGCCCATTGCTTGCCGATATTGTTCTCATTGTCGGGCTGATTTTCTTCTTCTTTTAAATCAGAATTCTCTTTAAAAAATTATGGGCCGCTCCAGGCCCATAAATTTTTACGCTCCCTTAACTTGCCCTCATTCCCAAACCTCAATCGCGCGCGTATAGTAGCAGCGTTTAAAAGCTCTAACTTTTGTTGCATTACCGGGATGTAAAGTGAATACAACGCTGTTTCGATGGCCGGTTCGCGTCTACTATGAAGATACCGATGCCGGTGGTGTGGTGTACCACGCCAGT > NC_000913/774426‑774832 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |