| Read alignment evidence... | ||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/6): ref base (29/31): total (32/37) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 4.89e-01 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.66e-01 | ||||||||||
CCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAA > NC_000913/1742956‑1743355 | ccGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTcc < 2:242696/210‑1 (MQ=255) aaTTTCATCACTGAATCTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCAAAGATTGGTACTGCGTAACGTTTCTTTCATCCGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCcaccac < 2:318405/210‑1 (MQ=255) tttCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACAt < 2:182533/210‑1 (MQ=255) tttCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACAt < 2:392204/210‑1 (MQ=255) tgcatcaCTGAATTTGGACGCACGATCAACGTTTACCCAATCCCCCACTGTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATg < 2:270344/208‑1 (MQ=255) tcttcaCTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGc < 2:497536/207‑1 (MQ=255) tcatcaCTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGc < 1:174870/210‑1 (MQ=255) cctcaCTGAAGTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCg < 1:413976/208‑1 (MQ=255) catcaCTGAATTTCGCCGCCCGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGct < 1:152655/210‑2 (MQ=255) catcaCTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGct < 2:8912/210‑2 (MQ=255) 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aTGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAgggg > 1:372498/1‑210 (MQ=255) aTGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAgggg < 2:529470/210‑1 (MQ=255) aGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACAAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTa > 2:485217/1‑210 (MQ=255) aCCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTAttt > 1:257550/1‑210 (MQ=255) ggTTTCCAGGCCGTCCAGCTTGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAACATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTAtttttt < 2:42883/210‑1 (MQ=255) tCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCACTTACCAGTGAAGGAGTAAGAATGGCTATTTTTTCACt > 2:332569/1‑210 (MQ=255) cAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTgg > 1:498768/1‑210 (MQ=255) gCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGgaga > 2:469180/1‑210 (MQ=255) tacgCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATtaa > 1:189897/4‑210 (MQ=255) ccAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATtaa > 2:479150/1‑210 (MQ=255) gCATGTGGTGGAGTTACCCGACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATtaataa > 2:414439/1‑210 (MQ=255) | CCGCCAATTTCATCACTGAATTTCGCCGCACGCTCAACGTTTACCCAATCCCCCACTTTTAAATCGCCAAGATTGGTAATGCGTAACGTTTCTTTCATCAGGTCAAAACTGACATGGTTGCCGTTAATTTCCGTCACGGTCAGGCAGCAACCGTTATGCGCCACGGAAGCACCGGTTTCCAGGCCGTCCAGCATGTGGTCGGGTAACTCCACCACATGCGTACGAAAATTTGGTTTCTCGTCAATCGACACCAGTTTTGCGGTGCCCTGTACAATCCCCGTAAACATACTTACAACTCCTGAAATCAGTTAAGACATTCTGTTCAGCACAATAGCAGGTGGAAAACGCCCTTACCAGTGAAGGGGTAAGAATGGCTATTTTTTCACTGGAGAATTAATAA > NC_000913/1742956‑1743355 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |