| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 163130 | 18 (0.050) | 358 (1.020) | 196/300 | 0.0 | 94.5% | intergenic (‑47/‑33) | insJ/hokA | transposase/protein HokA |
| ? | DH1 | = 285833 | 24 (0.070) | intergenic (‑54/‑370) | panM/livK | pantothenate synthesis PanD autocleavage accelerator/branched chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
Only 100 of 760 total aligned reads displayed.
CTGTAACGAGGAAGGGGAATACTCCGGCCAGATCTTTTGCAGGTCAATCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGAACCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAATTTTTTAACAGCAATAATTACAAAATTAAAACATTAGAGAATGAAAAATGTCCAGCATAATCCCCTGAATGATAGTGAATTATTCCGCCCTTTGTGCCGTTATTTTATGC > DH1/285684‑285983 | cgtaagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgattacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCgg > 4:333859‑M2/147‑151 (MQ=255) cgtaagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCgg < 6:432699‑M2/5‑1 (MQ=255) taagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCgg > 1:77803‑M2/145‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |