| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | DH1 | 936,169 | 0 | T | . | 40.6% | 148.3 / 107.7 | 70 | intergenic (‑13/+21) | ECDH1_RS04615/ECDH1_RS04620 | tRNA‑Met/tRNA‑Met |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/39); new base . (3/25); total (6/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
GAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCT > DH1/936019‑936253 | gAATGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCTTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCt < 5:661649/151‑1 (MQ=255) aaTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAACAAAAAAAACACCGGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtt < 3:517861/151‑1 (MQ=255) aaTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGTGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtt < 8:1306361/151‑1 (MQ=255) aaTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtt < 4:1297845/151‑1 (MQ=255) aaTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtt < 2:1138384/151‑1 (MQ=255) aaTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCACGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtt > 3:780471/1‑151 (MQ=255) aTGGCGCTTTTTTATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttt < 3:665552/151‑1 (MQ=255) aTGGCGC‑TTTTTATGGTAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCtttt < 4:664226/151‑1 (MQ=255) ggggattttttATGGTAGACATGAAAAAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCttta < 2:708957/145‑2 (MQ=18) 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ttttATGGGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTtcat < 3:256338/150‑1 (MQ=255) tttATGTGAGACCAGAAACAAAAAAACACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTtcatc < 4:470700/150‑1 (MQ=255) tttATGGGAGACCTGAAACATATAATCATTCGTTAGGTTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGTGCGGTTTTGAACCGAGGAGGTTGGGGTTATTTGCCCGACGAGCTAGCATGCTGCTCGTCCCCTCGTGACGGTACTGCTTTTACTtcatc < 6:468935/150‑1 (MQ=255) tttATGGGAGACCAGAAACAATAAAAGACTCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTtcatca < 6:996210/150‑1 (MQ=255) tttATGGGAGACCAGAAACAAAAAACCACCCGTTAGGGTGTTCAATAATTGGTTGCGGGGGCGGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGCTTTTACTtcatc < 6:478409/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |