Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | DH1 | 936,278 | 1 | . | T | 24.1% | 142.1 / 68.7 | 58 | intergenic (‑12/+22) | ECDH1_RS04620/ECDH1_RS04625 | tRNA‑Met/tRNA‑Met |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (39/5); new base T (11/3); total (50/8) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-02 |
TGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTT > DH1/936190‑936427 | tGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑Ac < 1:209999/94‑1 (MQ=31) tGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑Ac > 2:210159/1‑94 (MQ=31) gTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCCGGAGT‑GC‑GTG‑AATTCTGCACTATATAATTGGTTGCGGGGGGAGTTTTTGACCCGCCGCCATTCGGGttctt > 5:619944/1‑148 (MQ=2) ttGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCAGTAATCGA‑TGT‑A‑TTCTTCGATGTATTTTTCATTGCGCGGGAGGGATTAGCACCGACGCCCTTAGGGTTATTAGTCCGACGAGCTaa > 8:1205133/1‑149 (MQ=2) ccTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCAGCTATGTTTAATTGGTTGCGGCGGCCGGTTTTGAACCGACGCCCTTCGGGTTATGATCCCGCCGAGAGACCAGGCTGCTcccc > 7:81622/1‑149 (MQ=11) gacgaGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCGGGAGT‑CC‑GTG‑ACTTCTGCTATGTTTATTTGGTTGCGCGGGGGGGATTTGACCCGCCCCGCTTGGGGTTATGATCCCGACGAGCTACAAGGCTGCTCCCCCGCGCGTcgggcgatg > 1:111190/1‑141 (MQ=2) tACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTAGT‑CC‑ATA‑AATTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGCGTACTGATATGAACCGACGACCTTCGGCTTATGATCCCGCAGAGCAACAAGGCTGCTCCAAAAATAGTCAGTGGATGCTCACtat > 4:1355039/1‑150 (MQ=9) ccAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACt > 3:432076/1‑151 (MQ=255) gctgctCCACCCCGCGTCACCGTAAT‑GC‑GTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCAGGATTTGACCCGACGACATTCGGGTTATGAGCCCGAAGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCAGTGGATTCGCACTATACTCCGc > 4:281375/1‑151 (MQ=17) tgctCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACCAGCTACCAGCCTGCTCCACACCGAGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTc > 4:979352/1‑151 (MQ=255) gctCCACCCCGCGTCACCGTAGT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCAGGATTTGAACCGACCACCTTCGGGTTATTATACCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCCCACGTAGTCGGTTGATGAGCACTATACTCCGCt > 4:1162486/1‑149 (MQ=17) ctCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTcgc > 5:892979/1‑151 (MQ=255) tCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGACGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACAAGGCTGATCCACCCCGCGTCAGCGGATGCGCACAATTCTGCCCTcg > 1:875796/1‑149 (MQ=11) tCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGCCCTTCGGGTTATGAGACCGACGCGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTcgcg > 2:1285667/1‑151 (MQ=255) ccACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGt > 2:416946/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGAAGAGCTACCAGGCTGCTCCACACCGCGTCAGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 1:613916/1‑151 (MQ=255) ccccctctCACCGTAGT‑GC‑TTT‑ACCTCCTGAAAATTTTATTGGTTGCGGGGGCAGGAGTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCACGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTTGATGCTCACTATACTCCGCTGGCGtt < 3:1341430/142‑1 (MQ=17) ccccGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACAGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtttt > 6:389940/1‑151 (MQ=255) cccGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 6:1289240/1‑151 (MQ=255) cgcgTCCCCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGACCCGCCGCCCTCCGGGTTAGGAGCCCGCCGCGCTCCCAGGCGGAGCCCCCCCGCGGCCGGGGATGCGCCCTATCCTCCGCTCGCGtttgc > 1:517811/1‑147 (MQ=18) cgcgTCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGGAATCGCAGTATACTACTCACGCGTTTTCAt > 1:17268/1‑151 (MQ=1) cgcgTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGCCGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCAt > 2:1249923/1‑151 (MQ=255) cgcgTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCAt > 7:1257989/1‑151 (MQ=255) gcttCACGGTACT‑GCTTTT‑ACTTCAT‑AAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATg < 2:17201/148‑1 (MQ=14) gcgTCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATTAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACAGGAATCCCAGTATACTccaaaagatatttaatt > 6:567751/1‑136 (MQ=14) gcgTCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCCCt > 1:49065/1‑139 (MQ=11) gcgGCACCGTACT‑GC‑TTTAAATGCATCAAATTTT‑ATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCt < 2:48900/139‑1 (MQ=14) gTCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGAGGCGCACAATTCTACCCTAGAGTTTTCAttc > 6:363678/1‑148 (MQ=11) gTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 4:136888/1‑150 (MQ=255) tCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACtat > 3:560528/1‑128 (MQ=11) tCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGAAGCGGACTATACAACGCACGAGTTttcattca > 4:1211902/1‑150 (MQ=11) tCACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCAT‑AAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACtat < 4:560530/128‑1 (MQ=11) tCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 1:688640/1‑150 (MQ=255) tCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 8:363850/1‑150 (MQ=255) tCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 5:989183/1‑150 (MQ=255) cACCGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGAAGCGAAATATACAACGATCGATATTTCATTCAAc > 6:1203914/1‑151 (MQ=11) cACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAAc > 8:890561/1‑151 (MQ=255) ccGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGCGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGAGGCGTACTATACACCGCTGGCGTTTTccttgcggcg > 8:1080697/1‑142 (MQ=11) ccGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 2:1360667/1‑151 (MQ=255) ccGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 5:1355973/1‑151 (MQ=255) ccGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 4:587960/1‑151 (MQ=255) cGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGGATTCGGACTATACTCCGATAGATTTTTCAt > 7:1236732/1‑143 (MQ=1) cGTACT‑GCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATggcgccgt > 5:433251/1‑144 (MQ=14) cGTACT‑GCTTTT‑ACTTAAT‑AAATTTTTATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCAt < 8:1236059/143‑1 (MQ=17) cGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt > 6:915438/1‑151 (MQ=255) cGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt > 7:630878/1‑151 (MQ=255) gTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttt > 5:1344208/1‑151 (MQ=255) tACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttt > 6:742809/1‑151 (MQ=255) tACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttt > 1:1070271/1‑151 (MQ=255) tACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGCATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttt > 5:1111601/1‑151 (MQ=255) aCT‑GC‑TTT‑TAATAATAAAATTTTTATTGGTTGCGGTGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttt < 5:568273/151‑1 (MQ=21) cT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt > 6:1351297/1‑151 (MQ=255) cT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt > 8:403161/1‑151 (MQ=255) t‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTAATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCCTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCCTTTTCATGCAACCtttttgt > 4:601768/1‑149 (MQ=255) t‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGAACTTCGGGTTATGAGCCCGACCAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGGTTTCATGCAACCttttttt > 8:662269/1‑151 (MQ=255) gC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 8:1329139/1‑151 (MQ=255) gC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 3:45453/1‑151 (MQ=255) gC‑TTT‑ACCTAATTAAATTTTTATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACGTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt < 3:155854/150‑1 (MQ=255) c‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 7:496599/1‑150 (MQ=255) | TGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACT‑GC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTT > DH1/936190‑936427 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |