| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | = 163130 | 12 (0.040) | 282 (1.030) | 179/300 | 0.0 | 92.8% | intergenic (‑47/‑33) | insJ/hokA | transposase/protein HokA |
| ? | DH1 | = 285833 | 32 (0.120) | intergenic (‑54/‑370) | panM/livK | pantothenate synthesis PanD autocleavage accelerator/branched chain amino acid ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
Only 100 of 625 total aligned reads displayed.
CCTGTAACGAGGAAGGGGAATACTCCGGCCAGATCTTTTGCAGGTCAATCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGAACCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAATTTTTTAACAGCAATAATTACAAAATTAAAACATTAGAGAATGAAAAATGTCCAGCATAATCCCCTGAATGATAGTGAATTATTCCGCCCTTTGTGCCGTTATTTTATGC > DH1/285683‑285983 | gacgtaagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATc < 5:800997‑M2/3‑1 (MQ=255) acgtaagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATc < 4:150159‑M2/3‑1 (MQ=255) gtaagatgcgaaaagcagccatggacagaaactatctggcgtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCgg > 3:844952‑M2/146‑150 (MQ=255) 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cAGGTCAATCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGACCCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCtttactgcacccattttgttggccgatcatatggattcgc < 5:100793‑M2/151‑41 (MQ=255) ggTCAATCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGAACCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAAtt > 8:336742/1‑151 (MQ=255) gtcagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAAttt < 4:105502‑M2/46‑1 (MQ=255) cagtccttgcggggagcgggctttcgtaatcttgccctgaatacaggactgagtatcaaaaagccggttaactgaaactgtccaggttttgggggtcagttcaATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAAtttt < 1:408041‑M2/47‑1 (MQ=255) aTCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGAACCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCtgtactgcacccattttgttggacgatgaaatggaatagcccctaat < 2:162664‑M2/151‑48 (MQ=255) 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cGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAATTTTTTAACATCAATAATTACAAAATTAAAACATTAGAGAATGAAAAATGTCCAGCATAATCCCCTGAATGATAGTGAATTATTCCGCCCTTTGTGCCGTTATTTTATg < 8:148446/150‑1 (MQ=255) cGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAATTTTTTAACAGCAATAATTACAAAATTAAAACATTAGAGAATGAAAAATGTCCAGCATAATCCCCTGAATGATAGTGAATTATTCCGCCCTTTGTGCCGTTATTTTATg < 8:461334/150‑1 (MQ=255) | CCTGTAACGAGGAAGGGGAATACTCCGGCCAGATCTTTTGCAGGTCAATCCGGTCTTGGTCGCTAAATTTTTCTAATCGAATGATGGTCAGCTTCATGGGTAACCCGTGTAAATCACAAAAGTGGAACCAGTGTAGCGAAATAATTTAATCGGAGGCTTTCTCTTTTTTATTTCTTTTGGCAGGTGATTAATTTTTTAACAGCAATAATTACAAAATTAAAACATTAGAGAATGAAAAATGTCCAGCATAATCCCCTGAATGATAGTGAATTATTCCGCCCTTTGTGCCGTTATTTTATGC > DH1/285683‑285983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |