| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 175,816 | T→G | intergenic (+110/‑242) | ECDH1_RS00860 → / → dppA | hypothetical protein/periplasmic dipeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 175,816 | 0 | T | G | 92.3% | 40.1 / ‑3.0 | 13 | intergenic (+110/‑242) | ECDH1_RS00860/dppA | hypothetical protein/periplasmic dipeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (4/8); total (5/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
ATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTGATGTTAATTAGTACG > DH1/175694‑175946 | aTTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATcc > 3:412796/1‑151 (MQ=255) ttAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATccc > 7:108901/1‑151 (MQ=255) tAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTg > 3:354137/1‑151 (MQ=255) aCTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTAtt < 1:138124/151‑1 (MQ=255) ccAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTc < 3:663324/151‑1 (MQ=255) gTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTc > 1:442540/1‑151 (MQ=255) tGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCt < 4:7294/150‑1 (MQ=255) tatTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGCCGTTTTCACATTCTGTTGAc > 8:276991/1‑149 (MQ=255) ggTCATGTTGGAGTAGCATAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAggg < 7:82875/150‑1 (MQ=255) gTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGGTGTTTTAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCGCGGTGTGCTGTATTGACGTTTTCAGATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCAtttt < 5:311901/151‑1 (MQ=255) ggAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATg < 3:1033208/151‑1 (MQ=255) gctgcAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTa < 6:806636/148‑1 (MQ=255) gAAGTTTTTTTAATCTTTGTGTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTGATGTTAATTAGTACg < 7:759041/151‑1 (MQ=255) | ATTAAATGCATAAAACTTAATCACCAAATGTTGCTAAATATTAAGCTGATTGTTCTGGTCATGTTGGAGTAGCACAAATTTCTCTGCTGCAAATAGCTGTTTGAAGTTTTTTTAATCTTTGTTTGTGGATTCTCACCGTTGGTGTAAATCCCGGTTGGCTGTATTGACGTTTTCACATTCTGTTGACAGATTGTAGGTCACGAGGGGCATTTTATGGAGGATCCGCACTGTTACACTGATGTTAATTAGTACG > DH1/175694‑175946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |