| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 3970034 = | 17 (0.030) | 521 (1.060) | 217/282 | 0.0 | 96.8% | intergenic (‑120/‑94) | fimA/ECDH1_RS19620 | type‑1 fimbrial protein, A chain/hypothetical protein |
| ? | DH1 | 3970348 = | 19 (0.040) | intergenic (+32/+48) | ECDH1_RS19620/fimE | hypothetical protein/tyrosine recombinase | |||||
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GCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCACAGTATGGCG > DH1/3970198‑3970497 | ctcgacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaat > 5:1188926‑M2/151‑151 (MQ=255) cgacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaatt < 2:457343‑M2/2‑1 (MQ=255) gacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGt < 8:890861‑M2/4‑1 (MQ=255) gacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGt < 1:1298890‑M2/4‑1 (MQ=255) gacgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGt < 5:1553717‑M2/4‑1 (MQ=255) acgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTc < 2:785081‑M2/5‑1 (MQ=255) cgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCt < 7:1035379‑M2/6‑1 (MQ=255) cgcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCt > 1:479996‑M2/146‑151 (MQ=255) gcatcttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCtt > 6:1869931‑M2/145‑151 (MQ=255) cttcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGtat > 5:1332253‑M2/141‑151 (MQ=255) tcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGtatt < 8:167002‑M2/12‑1 (MQ=255) tcctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGtat < 3:616271‑M2/11‑1 (MQ=255) cctcattcttctctccaaaaaccacctcatgcaatataaacatctataaataaagataacaatagaatattaagccaacaaataaactgaaaaagtttgtccgcgatgctttcctctatgagtcaaaatggccccaaTTGTCTTGtattt < 4:102009‑M2/13‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |