| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 936,278 | 1 | . | T | 25.0% | 160.2 / 77.0 | 60 | intergenic (‑12/+22) | ECDH1_RS04620/ECDH1_RS04625 | tRNA‑Met/tRNA‑Met |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (42/3); new base T (15/0); total (57/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.81e-02 | |||||||||||
TGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTT > DH1/936186‑936427 | ttattttttgcgttcgCCGGATCTCCACCGACTACCATCGGGATATGAGCCCGACGATCTACGACGCTGCTCCAAGCTTCATCAAATTAAAGA‑TTTTTTTGATTTTTAAATAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCg < 8:659269/135‑1 (MQ=2) ccGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGtt < 7:1241538/103‑1 (MQ=255) ccGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATAAAATTTTAATTGGtt > 8:1240128/1‑103 (MQ=255) tttGAACCGCCGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGGAGTCC‑GTTACTTCATCAAATTGTTATTGGTTGCGGGGGCCTGATTTGCAGAGCCGCCCTTCGGGTTCTGATGCCGACCACCTa > 7:351441/1‑150 (MQ=2) tttGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTAc > 7:375516/1‑151 (MQ=255) cGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTAGTGC‑TTTACTTCATCAAAGTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATAGGAACCGACGCCCTTCGGGTTATGAGCCCGCCGAGCTACAAGGCTGCTCCCCACcg > 7:1219656/1‑151 (MQ=11) aGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCCGTAGTGC‑TTTACTTCATCAAAATTTAATTGCTTGAGGGGG‑CGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATCATGAAGACGAGCTACAAGGCTGCTCCACAACGGTTCAGTGGATGATAACTATACTc > 2:86436/1‑149 (MQ=9) ggCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCg > 3:545018/1‑151 (MQ=255) tgctCCACCCCGCGTCCCCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGCCGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTACAAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTc > 3:1344277/1‑151 (MQ=255) tgctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTc > 5:177896/1‑151 (MQ=255) ctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTcgc > 2:1661249/1‑151 (MQ=255) tCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTcgcg > 6:513866/1‑151 (MQ=255) ccACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGt > 7:626603/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 6:1016859/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 8:826285/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 8:818582/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 5:1688372/1‑151 (MQ=255) cACCCCGCGTCACCCTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGGTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtt > 4:189554/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGttt > 4:120386/1‑151 (MQ=255) cccGCGTCACCGTACTGCTTTTANNTCATCAAA‑TTTGATTGGNNGCGGGGGCNGGATTTGNACCGACGNNCTTNNGGNTATGAGCCCNNNNAGCNACCNGNCNGCNCCACCCCGCGTCCNAGNATGCGCACAATACTCCGCTCGCTTTTTc > 4:6990/1‑151 (MQ=11) cccGCGTCACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGCACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGCGGATGCGGAGTATACTCCTCTCGGGttttg > 6:1271633/1‑150 (MQ=11) ccGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 3:325741/1‑150 (MQ=255) ccGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 8:770654/1‑150 (MQ=255) cgcgTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCAt > 6:1118886/1‑151 (MQ=255) tttatccGTACTGC‑TTAAGTTATTCTAATTTTATTTGGGTGCGGGGTGGTGATTTGTCGGGTCGACCTTGGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATg < 7:643318/145‑1 (MQ=18) cgTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 1:1273204/1‑151 (MQ=255) cgTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 2:452140/1‑151 (MQ=255) gTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 3:934260/1‑150 (MQ=255) gTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 2:1068099/1‑150 (MQ=255) tCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 3:400765/1‑150 (MQ=255) cACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATTCGGAATATACTACGAAAGAGTTTTCATTCAAc > 2:1072524/1‑151 (MQ=11) cACCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATTCCGAATATTCTACTCTCGTTATTTCATTCAAc > 7:1534719/1‑151 (MQ=11) cACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAAc > 2:471824/1‑151 (MQ=255) aCCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGATTGGGTCAATACTCCGCTGTGTTTTTCATTCAAcc > 1:454845/1‑151 (MQ=11) aCCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGATTCGGAATATACTACGCACGAGTTttcattcagcg > 6:371917/1‑148 (MQ=1) aCCGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCGGGATGCCGACTATACTCCGCTCGCTTTTTCCTGCAccc > 3:912273/1‑151 (MQ=11) aCCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAAcc > 5:1014078/1‑151 (MQ=255) aCCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAAcc > 5:86056/1‑151 (MQ=255) ccGTACTGC‑TTTACATCATCAAATTTTAAATCGTTGCGGGGGCCCGATTTGAACCGACCACCTACGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCACGCTGCTCCACCCCGCCTCCGTGGATGCGCACTATACTCCCCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 1:152821/1‑151 (MQ=21) cGTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt > 8:1128391/1‑151 (MQ=255) cGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt > 7:462271/1‑151 (MQ=255) cGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCCCGTTTTCATGCAACCtt > 5:110064/1‑151 (MQ=255) cGTACTGA‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGATGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGCCTGCTCCACCCCGCGTCGCTCGATGCGCACAATACTCCGCACGCCTTTTCATGCAACCtt > 8:1092028/1‑151 (MQ=18) gTACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCGGGATGCGCAATATTCAGCGCTAGAGTATTCAttccgcctgt > 2:1257804/1‑142 (MQ=11) gTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttt > 4:420936/1‑151 (MQ=255) gTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttt > 3:1307976/1‑151 (MQ=255) gTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttt > 7:392785/1‑151 (MQ=255) tACTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCAAGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGCGGATTCGGACTATACTCCCCTCTATTATTCATTCAAGCtttg > 7:1006495/1‑150 (MQ=1) aCTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCCCag > 1:128417/1‑117 (MQ=11) aCTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGGATTCGCAATATACTACGCTCGAGTTTTCATTCAACCttttt > 6:381473/1‑151 (MQ=14) aCTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGATGCCGAGTATACTACGCTCGCTTTTTCATTCAACCttgtt > 7:1317083/1‑151 (MQ=11) aCTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCTGGATGCCCACTATACAACGCTAGCTTTTTCATGCAAGCtttgt > 1:608556/1‑149 (MQ=11) aCTGCTTTTACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCAGCGTCACGGGATGGGGACACTACTACAATGGAGTTTTCATTCAACCttatt > 8:1135407/1‑151 (MQ=14) cTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCGGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt > 5:1406995/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 4:865464/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 8:606736/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 2:829867/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 1:1521075/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 8:832091/1‑151 (MQ=255) gC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 7:1236642/1‑151 (MQ=255) c‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttttt > 1:283345/1‑150 (MQ=255) | TGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTTACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGGATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTT > DH1/936186‑936427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |