Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | DH1 | 1,479,764 | G→T | D79Y (GAT→TAT) | nuoH → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit H |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | DH1 | 1,479,764 | 0 | G | T | 97.5% | 1509.7 / 17.8 | 402 | D79Y (GAT→TAT) | nuoH | NADH‑quinone oxidoreductase subunit H |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/2); new base T (210/181); total (219/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
GGCATTCATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGGATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGCAGGTCTGGCGGTTT > DH1/1479616‑1479911 | ggCATTCATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTAt < 7:752809/151‑1 (MQ=255) tCATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATcgcg < 1:880379/150‑1 (MQ=255) cATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGt < 3:234244/150‑1 (MQ=255) cATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTc > 5:1291547/1‑151 (MQ=255) aTGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTc > 8:486999/1‑150 (MQ=255) aTGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTc > 6:1112142/1‑150 (MQ=255) aTGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTc > 3:2700/1‑150 (MQ=255) tGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCAt > 8:189363/1‑151 (MQ=255) gAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATc > 3:734615/1‑151 (MQ=255) gAGCTTTGGCGAACGGCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATc < 3:1059662/151‑1 (MQ=255) gCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCtt < 1:1109925/151‑1 (MQ=255) tGGCGAACGTCGCCTGGTGGGTCTGTTGCAGAAGCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTTGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCACGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTAc < 3:1356550/150‑1 (MQ=255) tGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTAc < 1:381361/150‑1 (MQ=255) ggCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTAcc < 4:1497491/150‑1 (MQ=255) gCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCt < 4:962215/151‑1 (MQ=255) aaCGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGc < 5:1063816/151‑1 (MQ=255) aaCGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGc > 7:787658/1‑151 (MQ=255) aaCGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGGATCGCGTCATCTTTACCCTGGc > 4:1174361/1‑151 (MQ=255) cGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTAAGGACCGACCCGTGTTGGCTGGGGAGGGTCGATCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATCTGCTTTAAAGACGACTGGATCCCGAAATTCTCCTATCGCGGCCTCATTACCCTGGCAc > 3:1404279/1‑151 (MQ=255) gTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCAcc < 3:1167327/151‑1 (MQ=255) cGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCga < 6:1588158/151‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCgat > 8:686680/1‑151 (MQ=255) gctgGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGAtt < 1:282165/151‑1 (MQ=255) gctgGGGCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCgatgat < 4:400828/150‑1 (MQ=255) gggTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTg < 8:829922/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGAACCGTTACGGACCTAAGCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTa < 2:142752/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGAGTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTAcc > 4:1324637/1‑151 (MQ=255) gTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTAcc > 1:104969/1‑151 (MQ=255) 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cAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGggtgg < 2:14896/151‑1 (MQ=255) gCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGtt < 2:1226533/151‑1 (MQ=255) cTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGCGTTGGGTGGTTg > 4:523103/1‑151 (MQ=255) tGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGc > 1:970488/1‑151 (MQ=255) ggTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGcc > 7:1647399/1‑151 (MQ=255) 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aaaaTGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCggg > 6:1501581/1‑150 (MQ=255) aaaaTGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGAGGTTGCCGCCCTGAACATCggg > 6:797198/1‑150 (MQ=255) aaaTGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGAt > 6:1310498/1‑151 (MQ=255) aaaTGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGAt < 7:551824/151‑1 (MQ=255) aaaTGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGAt > 4:1431198/1‑151 (MQ=255) 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tCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGtt > 4:76190/1‑151 (MQ=255) cTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGttc > 8:117674/1‑151 (MQ=255) cTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCATGGCACCGATGTTTCCCTATACGTCGCTGCTGCTGGCGTTTGCGCTTGTCCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGCACTTCGGGGTTTGGttg > 5:1439217/1‑150 (MQ=255) ttAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGttctt > 2:1146271/1‑151 (MQ=255) ttAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGtt < 1:783100/148‑1 (MQ=255) 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aCTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTgatgat > 6:352990/1‑151 (MQ=255) aCTGGATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTgatgat < 4:864462/151‑1 (MQ=255) ggATCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGatgatg < 8:590387/149‑1 (MQ=255) aTCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGc > 3:1500573/1‑149 (MQ=255) aTCCCGAAATTCTCGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGc > 8:1084121/1‑149 (MQ=255) 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tctcGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGCAGGTCTGGCgg < 6:54235/150‑1 (MQ=255) tctcGTATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGCAGGTCTGGCgg < 3:837198/150‑1 (MQ=255) | GGCATTCATGAGCTTTGGCGAACGTCGCCTGCTGGGTCTGTTCCAGAACCGTTACGGACCTAACCGTGTTGGCTGGGGCGGTTCGCTCCAGCTGGTTGCGGACATGATCAAAATGTTCTTTAAAGAAGACTGGATCCCGAAATTCTCGGATCGCGTCATCTTTACCCTGGCACCGATGATTGCCTTTACCTCGCTGCTGCTGGCCTTTGCGATTGTGCCAGTCAGTCCGGGTTGGGTGGTTGCCGACCTGAACATCGGGATTTTGTTCTTCCTGATGATGGCAGGTCTGGCGGTTT > DH1/1479616‑1479911 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |