| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 2,232,214 | Δ1 bp | intergenic (‑141/‑392) | flxA ← / → relB | protein FlxA/antitoxin RelB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,232,211 | 0 | G | . | 99.5% | 1977.6 / 0.9 | 424 | intergenic (‑138/‑395) | flxA/relB | protein FlxA/antitoxin RelB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base . (225/197); total (226/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 444 total aligned reads displayed.
TGTGACAGACATAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAGGGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATAAGT > DH1/2232062‑2232356 | tgtgACAGACATAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAgg > 6:899201/1‑151 (MQ=255) cagacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAgggtaa > 5:1557730/1‑147 (MQ=255) gacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACg < 6:793836/151‑1 (MQ=255) 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gttgACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATaa < 8:842840/150‑1 (MQ=255) gttgACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATa > 6:1624095/1‑149 (MQ=255) | TGTGACAGACATAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAGGGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATAAGT > DH1/2232062‑2232356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |