| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 839,095 | Δ1 bp | coding (1001/1434 nt) | bglA ← | 6‑phospho‑beta‑glucosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 839,094 | 0 | T | . | 98.8% | 1966.1 / 19.8 | 436 | coding (1002/1434 nt) | bglA | 6‑phospho‑beta‑glucosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base . (183/244); total (190/246) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 452 total aligned reads displayed.
CACTTTGTCGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCCTTCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTAAATCCGCGACGCTCCCAC > DH1/838944‑839244 | cACTTTGTCGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATTCGGGTTTGGTACGCTGCCt > 5:968825/1‑151 (MQ=255) cTTTGTCGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTCACATACGGGTTTGGTACGCTGCCtc > 7:1238841/1‑149 (MQ=255) tGTCGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCCtcaaa > 5:1175111/1‑146 (MQ=255) cGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCCTTCAAAAcc < 4:658758/151‑1 (MQ=255) cGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCa < 1:1436328/151‑1 (MQ=255) aGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAgaga < 3:409539/151‑1 (MQ=255) aGCGCCAAAACCGATTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAgaga < 2:1000846/151‑1 (MQ=255) gcCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCag > 5:1564813/1‑145 (MQ=255) gcCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGatcg < 2:683265/151‑1 (MQ=255) aaCCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGatcgcatcg < 1:1705778/151‑1 (MQ=255) cGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCg > 2:38102/1‑151 (MQ=255) gTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCgg < 6:631662/151‑1 (MQ=255) gTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGATGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCgg > 2:433307/1‑151 (MQ=255) ttttCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGt > 5:1304983/1‑151 (MQ=255) tCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCCTTCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTgc > 7:1355114/1‑151 (MQ=255) cGACAATAAACAGCGGACTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCAAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGACAACACATCGcctgacccc > 8:1282419/1‑144 (MQ=255) cAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCt > 5:539421/1‑151 (MQ=255) cAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGCATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCt < 5:1729729/151‑1 (MQ=255) aTAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTc > 8:671634/1‑151 (MQ=255) aaaCAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCg < 7:764049/150‑1 (MQ=255) aCAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCACAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGcc > 4:502305/1‑151 (MQ=255) aCAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATAAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCAGCGCCGGTGCCGCCTTCGGcc > 3:663194/1‑151 (MQ=255) cAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCt < 4:843217/151‑1 (MQ=255) gCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTc < 4:1041014/151‑1 (MQ=255) cGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCa < 6:275779/151‑1 (MQ=255) ggCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCAc > 3:25385/1‑151 (MQ=255) ccTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTg > 5:1013559/1‑151 (MQ=255) tctGATAACGCTAATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGc > 4:1577262/1‑150 (MQ=255) gATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCa < 5:758206/148‑1 (MQ=255) gATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTg > 3:1094463/1‑151 (MQ=255) gATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTGTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCAtt < 5:650660/150‑1 (MQ=255) aTAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGTATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTgg < 6:1343351/151‑1 (MQ=255) aaCGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTc < 6:453073/151‑1 (MQ=255) ncGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTc > 5:1671719/2‑150 (MQ=255) cGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCAt > 3:527011/1‑151 (MQ=255) gCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATg < 8:415360/151‑1 (MQ=255) gCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATg < 2:1387885/151‑1 (MQ=255) tCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGt > 3:1415228/1‑150 (MQ=255) 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cAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAAcc < 4:1470896/151‑1 (MQ=255) aaaaGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAAcc < 1:1016319/150‑1 (MQ=255) aaaGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAAcc > 1:787819/1‑150 (MQ=255) aGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCa > 7:1746557/1‑149 (MQ=255) gTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGa < 2:1168599/151‑1 (MQ=255) 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cAGTCTGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGcc < 7:399255/151‑1 (MQ=255) cAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGCTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCACATCGcc > 8:1567586/1‑151 (MQ=255) cataTGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGAC‑TAAAAAACAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGACTTCGGCCTTCAATGCATTCGTCATGTAATACCTGAAACCAAGATAATCGAAAGTGACTTCACGCAGCACATCAAGATCGcagac > 8:1096097/4‑146 (MQ=255) cAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCt > 1:855835/1‑151 (MQ=255) aTGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTcc < 6:1675337/151‑1 (MQ=255) 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aaCATACGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTg < 7:1414567/150‑1 (MQ=255) aTACGGGTGTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCCTCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGt < 1:576867/151‑1 (MQ=255) cGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAATCCAGAGATCGCATCGGCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGACGTTaa < 8:1031793/151‑1 (MQ=255) cGGGTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTaa < 7:100424/151‑1 (MQ=255) gggTTTGGTACGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTaaa < 4:1366647/151‑1 (MQ=255) 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aCGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTAAATCCGCGAc < 7:1601236/150‑1 (MQ=255) aCGCTGCC‑TCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTAAATCCGCGAc < 2:1781835/150‑1 (MQ=255) | CACTTTGTCGTAAGCGCCAAAACCGTTTTCGACAATAAACAGCGGCCTCTGATAACGCTCATACAGTTCGCAAAGTGCATAGCGCAGACCTACTGGATCAATCTGCCAGCCCCAGTCAGATGCTTTAACATACGGGTTTGGTACGCTGCCTTCAAAACCAGAGATCGCATCGCCGGTGCCGCCTTCGGCCTTCACTGCATTGGTCATGTAATAGCTGAAACCAAGATAATCGCAGGTGCCTTCACGCAGCACATCCAGATCGCCGTCTTCCATTTTGATGTTAAATCCGCGACGCTCCCAC > DH1/838944‑839244 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |