| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 100,838 | T→C | L246P (CTT→CCT) | gpsA → | glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+)) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 100,838 | 0 | T | C | 98.5% | 1803.7 / 4.7 | 478 | L246P (CTT→CCT) | gpsA | glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+)) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/3); new base C (227/243); total (232/246) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 479 total aligned reads displayed.
ACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCTTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCCGCG > DH1/100688‑100984 | tATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGc > 4:1322014/1‑151 (MQ=255) aTTGCCATTGGTGCGGGGAGGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGc < 5:1580916/150‑1 (MQ=255) gCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATGACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGAt < 4:1394337/150‑1 (MQ=255) gCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATc > 6:1531637/1‑151 (MQ=255) cATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTg < 6:1026052/151‑1 (MQ=255) cATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTg > 5:961862/1‑151 (MQ=255) ggTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTg < 3:1096297/150‑1 (MQ=255) gTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCt < 4:1509022/151‑1 (MQ=255) ggATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTg > 5:762630/1‑151 (MQ=255) aTGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGt > 8:1527930/1‑150 (MQ=255) ggTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTAc < 2:1619200/150‑1 (MQ=255) cGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGAc > 7:615350/1‑151 (MQ=255) gACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGAc > 2:628636/1‑150 (MQ=255) 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tGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTAc > 6:496009/1‑151 (MQ=255) ccACCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCg < 7:1381416/151‑1 (MQ=255) aCCTTTCTGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCGCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCa < 8:263637/151‑1 (MQ=255) aCCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGc > 4:1819948/1‑150 (MQ=255) aCCTTTATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACAGACAACCAGTATCGTAACAGACGTATTGGCATGATGAAAGGTCATGCAATGGATGTACAAAGCGCGCAGCAGAAGAATGGTCACGTGGTGGAAGGCTACCga > 8:1151649/1‑149 (MQ=255) tATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATAc < 3:381274/150‑1 (MQ=255) tATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATAc < 6:73895/150‑1 (MQ=255) tATGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTNGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATAc < 4:1620481/150‑1 (MQ=255) aTGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACg > 1:968998/1‑150 (MQ=255) tGGGCATGGCGGGGCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGa > 2:1821578/1‑150 (MQ=255) 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ggggCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCcgc > 3:222410/1‑151 (MQ=255) gggCCTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCcgcg < 7:96599/151‑1 (MQ=255) | ACGTTATTGCCATTGGTGCGGGGATGTCCGACGGTATCGGTTTTGGTGCGAATGCGCGTACGGCGCTGATCACCCGTGGGCTGGCTGAAATGTCGCGTCTTGGTGCGGCGCTGGGTGCCGACCCTGCCACCTTTATGGGCATGGCGGGGCTTGGCGATCTGGTGCTTACCTGTACCGACAACCAGTCGCGTAACCGCCGTTTTGGCATGATGCTCGGTCAGGGCATGGATGTACAAAGCGCGCAGGAGAAGATTGGTCAGGTGGTGGAAGGCTACCGCAATACGAAAGAAGTCCGCG > DH1/100688‑100984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |