| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 2,244,937 | A→G | intergenic (‑81/+236) | pinQ ← / ← ydfK | Qin prophage; site‑specific recombinase/cold‑shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,244,937 | 0 | A | G | 97.7% | 331.5 / 1.5 | 175 | intergenic (‑81/+236) | pinQ/ydfK | Qin prophage; site‑specific recombinase/cold‑shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (94/77); total (95/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACCCAAAAT > DH1/2244790‑2244999 | cccGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATTATTATTTTTGTGCATATTtgtgtgt > 5:1550973/1‑151 (MQ=14)cccGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtgtgtgt > 7:1542007/1‑151 (MQ=14) ccGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtctgtgt > 2:1282254/1‑150 (MQ=14) gncggttnnnnncGGNGNNNTGATCCNGCGTTNATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTaca < 5:185449/139‑1 (MQ=11) 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tGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTGTGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACACAAAAt > 2:1101938/1‑151 (MQ=11) | CCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACCCAAAAT > DH1/2244790‑2244999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |