| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 3,795,806 | A→G | intergenic (+73/‑91) | sgrT → / → tbpA | transcriptional regulator SgrR/thiamine‑binding periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 3,795,806 | 0 | A | G | 97.6% | 1858.4 / 16.3 | 499 | intergenic (+73/‑91) | sgrT/tbpA | transcriptional regulator SgrR/thiamine‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/5); new base G (222/263); total (230/269) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 516 total aligned reads displayed.
ATGCGCGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGAAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTAAACCC > DH1/3795659‑3795956 | aTGCGCGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGgaa < 6:687260/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAAt < 5:1120874/150‑1 (MQ=255) gcgcGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAAt < 6:1336803/150‑1 (MQ=255) cgGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATAccc < 1:963754/151‑1 (MQ=255) cgGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATAccc > 1:450197/1‑151 (MQ=255) ggCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCg < 8:868283/151‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCg < 5:1588487/151‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCg > 8:1463193/1‑151 (MQ=255) gCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGt > 4:402514/1‑151 (MQ=255) ccTGCGCATGAATACACTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTTCGCTGAGGAAATACCCGTc > 6:1642310/1‑151 (MQ=255) cTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCg > 5:1755451/1‑151 (MQ=255) ggcgcATGAATACCCTCGGCGGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGa < 7:590675/150‑1 (MQ=255) gcgcATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCg < 2:1214376/149‑1 (MQ=255) gcgcATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGa < 7:1543525/150‑1 (MQ=255) gcATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAAcc > 4:331385/1‑151 (MQ=255) gAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGAt < 1:5686/151‑1 (MQ=255) aTACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATcc > 1:745345/1‑151 (MQ=255) aTACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATcc > 8:474265/1‑151 (MQ=255) 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actaACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATg < 3:886297/151‑1 (MQ=255) aaCGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGt < 6:1233345/149‑1 (MQ=255) aaCGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCt < 7:1741617/151‑1 (MQ=255) aaCGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCt > 7:838696/1‑151 (MQ=255) cGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGcccc > 4:591454/1‑151 (MQ=255) 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cAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCctgc < 4:700986/148‑1 (MQ=255) gggTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCtgctgttgctg > 2:179574/1‑151 (MQ=255) gggTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCtgctgttgctg < 1:684794/151‑1 (MQ=255) cgcgtacgcgtGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAgc < 2:1537718/151‑1 (MQ=255) acgcgtGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGccc < 4:1467449/150‑1 (MQ=255) 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gaggAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTaa < 4:1704336/150‑1 (MQ=255) aaaaTACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGATGTGCACAGCGCCCGTTTACGCTAAAacc > 8:355807/1‑151 (MQ=255) | ATGCGCGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGAAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTAAACCC > DH1/3795659‑3795956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |