| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 224996 = | 60 (0.100) | 692 (1.180) | 259/300 | 0.0 | 92.0% | coding (402/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 3851581 | NA (NA) | noncoding (769/769 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 1292 total aligned reads displayed.
CAATTTCAGTTGCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGC > DH1/224846‑225146 | cgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccg > 2:871832‑M1/151‑151 (MQ=255)cgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccg < 8:158374‑M1/1‑1 (MQ=255) gaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccg < 3:1793637‑M1/1‑1 (MQ=255) cggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCattt > 1:625090‑M1/142‑151 (MQ=255) tGCTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTgg > 2:717544‑M1/1‑149 (MQ=255) cTTATGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtg > 2:218057‑M1/1‑147 (MQ=255) aTGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatg > 5:2206838‑M1/1‑144 (MQ=255) tGTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTAGATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgg > 8:1771359‑M1/1‑143 (MQ=255) gTCCTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgct > 6:350486‑M1/1‑142 (MQ=255) tCCTGACTAAAAATAAGATGAGATACCCATGGTGACGATGTCGCTCAAACGTCTTAGTTTCAGCTTCTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgct < 6:2215437‑M1/150‑10 (MQ=255) ccTGACTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgc < 5:1919665‑M1/151‑12 (MQ=255) cTAAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaact > 7:1958866‑M1/1‑135 (MQ=255) ataAAAATAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaact < 5:1723753‑M1/150‑17 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggcgctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAAtcact < 4:393279‑M1/28‑3 (MQ=255) aaaTAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATCTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttact < 6:71946‑M1/151‑21 (MQ=255) aTAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactg > 2:510564‑M1/1‑129 (MQ=255) tAAGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgat > 3:1366323‑M1/1‑128 (MQ=255) aaGATGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatt > 2:134303‑M1/1‑127 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCAt < 7:985822‑M1/33‑1 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCAt < 5:69084‑M1/33‑1 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATa < 1:193441‑M1/34‑1 (MQ=255) aTGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttag < 4:539738‑M1/151‑28 (MQ=255) aTGTGATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttag < 8:762278‑M1/151‑28 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAAtttt > 1:898120‑M1/113‑151 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAAttt > 1:1027085‑M1/113‑150 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTg > 6:1581243‑M1/112‑151 (MQ=255) gATACCCAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 5:779611‑M1/1‑120 (MQ=255) ccAGGGTGACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTg < 7:1164844/151‑1 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTg < 5:534788‑M1/45‑1 (MQ=255) ctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTg < 6:1159388‑M1/45‑1 (MQ=255) ggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTa > 5:1340628‑M1/103‑151 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTAtg > 1:2286063‑M1/101‑151 (MQ=255) gACGATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 2:966246‑M1/1‑108 (MQ=255) cggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTAtgt > 3:945396‑M1/100‑151 (MQ=255) gATGTCGCTCATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 2:1134848‑M1/1‑105 (MQ=255) gtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATa > 5:2087430‑M1/89‑150 (MQ=255) gtcgttctcaaaatcgggggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATaa > 3:1457289‑M1/89‑151 (MQ=255) cATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca < 1:721112‑M1/151‑56 (MQ=255) cATACGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtctatgatggtgtttttgaggtgctcc > 8:892743‑M1/1‑96 (MQ=255) aCGTCTTAGTTTCAGCTTGTACATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt < 4:1652749‑M1/150‑58 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATtgtg < 1:364150‑M1/68‑1 (MQ=255) tcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGa < 7:807909‑M1/69‑1 (MQ=255) caaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGa > 8:1259843‑M1/81‑149 (MQ=255) 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cATAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt > 5:139519‑M1/1‑72 (MQ=255) aTAATGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctgctgtttctatcagctgtc > 5:97484‑M1/1‑71 (MQ=255) aTGTTGAATTTCTGAATCTTTAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccct > 5:1613169‑M1/1‑68 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATa > 6:1419608‑M1/56‑151 (MQ=255) agtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATa > 1:487187‑M1/56‑151 (MQ=255) 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ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCa < 3:1709383‑M1/106‑1 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCa < 6:1933018‑M1/106‑1 (MQ=255) tttAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacg > 6:1743274‑M1/1‑50 (MQ=255) tttAATGTTTGTTGCGAAATATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacg > 1:1168492‑M1/1‑50 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCaaga > 4:2121307‑M1/42‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |