New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | DH1 | = 3970042 | 582 (1.210) | 43 (0.090) | 39/282 | 33.2 | 7.4% | intergenic (‑128/‑86) | fimA/ECDH1_RS19620 | type‑1 fimbrial protein, A chain/hypothetical protein |
? | DH1 | = 3970338 | 524 (1.160) | intergenic (+22/+58) | ECDH1_RS19620/fimE | hypothetical protein/tyrosine recombinase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 565 total aligned reads displayed.
AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCA > DH1/3970188‑3970487 | aGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGtt > 5:197681/1‑151 (MQ=255) aaaCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGttt < 8:1070153/150‑1 (MQ=255) aaaCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTg < 1:1122269/151‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTgg < 6:1594800/151‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTgg > 2:141333/1‑151 (MQ=255) cGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGTcc > 4:216876/1‑151 (MQ=255) cGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGcc < 6:1516616/151‑1 (MQ=255) ttAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGcccc > 3:381015/1‑151 (MQ=255) tAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGcccc > 5:1529371/1‑150 (MQ=255) aGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATTCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCaa < 2:490215/151‑1 (MQ=255) gCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACCTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAAt < 1:1658471/151‑1 (MQ=255) tACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGtg > 7:716196/1‑150 (MQ=255) tACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGt < 4:637615/150‑1 (MQ=255) aCATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCt > 5:1779918/1‑151 (MQ=255) aCATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCt > 4:1582893/1‑151 (MQ=255) atatAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCttt > 1:1519184/1‑150 (MQ=255) atatAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTg < 1:203857/151‑1 (MQ=255) atatAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTg > 3:539315/1‑151 (MQ=255) cGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtatttt > 3:1843915/1‑150 (MQ=255) cGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtattta < 5:441395/151‑1 (MQ=255) ggAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtatttat < 8:1682660/151‑1 (MQ=255) tGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGtt > 2:1213751/1‑151 (MQ=255) gATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGttt > 6:163418/1‑151 (MQ=255) aTGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGtttt > 7:926163/1‑151 (MQ=255) gAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGttttttt < 3:1033431/150‑1 (MQ=255) attaattTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAATTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACt < 1:1023441/151‑1 (MQ=255) taattTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACtt < 2:399506/150‑1 (MQ=255) tACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTttatta < 3:313597/150‑1 (MQ=255) tACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTtattat > 1:878629/1‑151 (MQ=255) aCAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTtattat > 8:444256/1‑150 (MQ=255) aaTAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCAAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCa > 7:1024118/1‑150 (MQ=255) aGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATaa < 7:1366902/151‑1 (MQ=255) caaaTAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAg < 4:740896/150‑1 (MQ=255) 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tGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGt < 3:1264870/150‑1 (MQ=255) gaccttttttAATATTTTTATGCTTGACAAAAAAAACGTAACTTATTTATGATATGCACAGTTAGCCCCCAAATGTCTACTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCATCACTTTTTAATTTTTCtttt > 2:75170/5‑151 (MQ=255) gTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGttt > 3:1625873/1‑151 (MQ=255) gTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTATTTTTAATTTTTCGttt > 5:1029597/1‑151 (MQ=255) cGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTAt < 6:1110237/151‑1 (MQ=255) 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gATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGc > 7:1573999/1‑151 (MQ=255) atGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGt > 6:384519/1‑151 (MQ=255) ggACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGtat < 4:1067178/151‑1 (MQ=255) ggACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGtat < 3:1144001/151‑1 (MQ=255) ggACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGta < 5:163749/150‑1 (MQ=255) ggACAGTTTGGACCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGta < 5:817224/150‑1 (MQ=255) gACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGtata < 3:215909/151‑1 (MQ=255) aaGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGAATATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAAc < 1:385160/150‑1 (MQ=255) aGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACg < 1:142317/151‑1 (MQ=255) tttGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGc > 1:709341/1‑150 (MQ=255) ttGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGca < 4:1416253/150‑1 (MQ=255) ttGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGca < 6:831892/150‑1 (MQ=255) | AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCA > DH1/3970188‑3970487 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |