| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 2,232,214 | Δ1 bp | intergenic (‑141/‑392) | flxA ← / → relB | protein FlxA/antitoxin RelB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,232,211 | 0 | G | . | 98.5% | 1791.0 / 21.9 | 391 | intergenic (‑138/‑395) | flxA/relB | protein FlxA/antitoxin RelB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base . (194/191); total (197/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
TGTGACAGACATAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAGGGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATAAGTT > DH1/2232062‑2232357 | cagacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAgggtaaa < 2:600392/151‑5 (MQ=255) agacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAAc < 3:1457699/151‑1 (MQ=255) agacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAAc < 4:1021194/151‑1 (MQ=255) gacaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACg < 1:1884823/151‑1 (MQ=255) acaTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGt < 4:1159490/151‑1 (MQ=255) caTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGtt > 6:1057589/1‑151 (MQ=255) aTAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTc > 2:494237/1‑151 (MQ=255) aGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCgg < 8:10699/151‑1 (MQ=255) 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ccTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGc < 7:445416/151‑1 (MQ=255) ccTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGAGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGc > 2:1839015/1‑151 (MQ=255) cAGAAAGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCaa > 8:1419910/1‑150 (MQ=255) aaGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAAt > 4:1722173/1‑151 (MQ=255) aGTAAAGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAAt > 6:545142/1‑150 (MQ=255) 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aaGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATg < 1:1378011/151‑1 (MQ=255) aGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATg > 8:1666170/1‑150 (MQ=255) aGCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGa < 7:709030/151‑1 (MQ=255) gCTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGa > 7:1313580/1‑150 (MQ=255) cTTGTTGACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCCCCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAAt > 6:408603/1‑151 (MQ=255) tgttgACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATa < 4:1427091/150‑1 (MQ=255) gttgACA‑GGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTCTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATa > 4:314168/1‑149 (MQ=255) | TGTGACAGACATAGATTTCTCCTTTTAAAAAAGCACTATCGGCATGCACAAAAAAATCTTTAATCGTATTTCTTGTGTCATTAATTGTTTGATGTTCAGATTGTTTTCCTCGCGGGCTGGCGCGCCTCAGAAAGTAAAGCTTGTTGACAGGGGTAAACGTTCGGCAATAATTTTCTGCCGCATGCGGGTGTTGCATAAAACGTGTTACGTTCCTTTATCGACAGGTCAGGTCACCGCTCACCCGCCGACGAGAAAGCAACACTGACATGCTAAAGCAAAAAATAGATGAATAAGTT > DH1/2232062‑2232357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |