| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 1,768,973 | C→T | T168I (ACA→ATA) | wzxB → | polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,768,973 | 0 | C | T | 98.5% | 1749.8 / 7.1 | 473 | T168I (ACA→ATA) | wzxB | polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/2); new base T (233/233); total (238/235) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 474 total aligned reads displayed.
ATTATATGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACACAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGTTTTATTCAGTCAAGTGCAAATCTGGTTGCTGGAATTATTGCACTAGCTATCGTTGTTCATGAAGGTTGGATTGGTAAAGTTACGCTATCATTACATAATGTGCGTCGATCTTTAGCAGACGG > DH1/1768825‑1769120 | aTTATATGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATaa < 8:1559914/151‑1 (MQ=255) tataTGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATaa > 6:1183312/1‑149 (MQ=255) atatGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAg < 4:1702412/150‑1 (MQ=255) atatGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAg < 7:1612790/150‑1 (MQ=255) atatGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAg < 7:46387/150‑1 (MQ=255) atGGTCGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTc < 4:572953/150‑1 (MQ=255) cGTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGatat < 3:1063998/151‑1 (MQ=255) gTTTGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGatat > 3:41904/1‑150 (MQ=255) tttGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGatat > 1:1036567/1‑149 (MQ=255) ttGTTCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAg < 7:775236/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAAt > 1:1147904/1‑151 (MQ=255) tCCTGCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCGGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAAt < 6:1681811/150‑1 (MQ=255) gCATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAATTGcc < 1:1596878/150‑1 (MQ=255) cATTAGTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATACCTCTAACATTTATTTTTGTGAAAATAAATTAAGATATAGCAATTGCCgg > 1:179007/1‑151 (MQ=255) tAGTCTGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGTGAAAACAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTATTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATACCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGtt < 8:1728345/150‑1 (MQ=255) gTCGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTTTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGTTTTa < 5:1273175/151‑1 (MQ=255) cGGGAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACATAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGTTTTAt < 7:1696199/150‑1 (MQ=255) gggAATTTAATCTACCCTATCTGGCTGTTTCAGGGAAAAGAAAAAATGAAATGGCTGACTTTAAGTAGTATTTTATCCCGCTTGGCTATTATCCCTCTAACATTTATTTTTGTGAACACAAAGTCAGATATAGCAATTGCCGGTTTTATTc > 7:1731812/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |