| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 1,779,915 | G→A | E54E (GAG→GAA) | wzzB → | chain length determinant protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,779,915 | 0 | G | A | 99.3% | 1675.8 / ‑1.9 | 450 | E54E (GAG→GAA) | wzzB | chain length determinant protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (220/226); total (221/229) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
ATAATAATGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAGAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCTATAACAATGCCATGAATGTTATCTATGGTCAGGCTGCACCGAAAGTATCGGATTTGCAGGAGACGTTAATTGGTCGCTTCAGTTCTGCCTTCTCT > DH1/1779767‑1780065 | taataatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGaaaa > 5:1751084/1‑150 (MQ=255) aataatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAaaaa < 8:62305/150‑1 (MQ=255) aataatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAaaaa < 4:138556/150‑1 (MQ=255) aataatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAAt > 4:1613424/1‑151 (MQ=255) ataatGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATg < 2:411028/151‑1 (MQ=255) atGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGAc < 5:327215/151‑1 (MQ=255) atGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGAc < 1:677717/151‑1 (MQ=255) atGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAAAAATGGAc > 7:1661327/1‑151 (MQ=255) 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cGAAGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGGAAATTGCGGGCTATAACAATGCCATGAATGTTATCTATGGTCAGGCTGCACCGAAAGTATCGGATTTGCAGGAGACGTTAATTGGTCGCTTCAGTTCTGc < 7:1192661/151‑1 (MQ=255) aGGAAAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCTATAACAATGCCATGAATGTTATCTATGGTCAGGCTGCACCGAAAGTATCGGATTTGCAGGAGACGTTAATTGGTCGCTTCAGTTCTGCCtt > 5:1018565/1‑151 (MQ=255) | ATAATAATGTTTCTGGGCAAAACCATGACCCGGAACAGATTGATTTGATTGATTTACTAGTGCAGTTGTGGCGTGGCAAGATGACAATCATCATTTCCGTCATTGTGGCTATTGCCCTGGCTATTGGATATTTGGCAGTAGCGAAGGAGAAATGGACGTCAACAGCAATTATCACTCAGCCCGACGTGGGGCAAATTGCTGGCTATAACAATGCCATGAATGTTATCTATGGTCAGGCTGCACCGAAAGTATCGGATTTGCAGGAGACGTTAATTGGTCGCTTCAGTTCTGCCTTCTCT > DH1/1779767‑1780065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |