| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 2,244,937 | A→G | intergenic (‑81/+236) | pinQ ← / ← ydfK | Qin prophage; site‑specific recombinase/cold‑shock protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,244,937 | 0 | A | G | 98.0% | 286.5 / ‑2.4 | 148 | intergenic (‑81/+236) | pinQ/ydfK | Qin prophage; site‑specific recombinase/cold‑shock protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (67/78); total (68/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACCCAAAAT > DH1/2244789‑2244999 | tCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtgtat < 2:1736575/150‑1 (MQ=31) gccGGGGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCGAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtgtgtgt < 8:1116267/150‑1 (MQ=9) cgcgtagTTGATTTTCGTTTGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGAGTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtgtgtg < 8:3067/144‑1 (MQ=11) cgcGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTtgtgtgt < 1:423014/149‑1 (MQ=14) 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tGAGACATAGTGAGAATCTATACGTAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTGTGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACCCaaaa < 4:1172936/150‑1 (MQ=2) | TCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTTGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGTAATTTTGGTGAGACCCAAAAT > DH1/2244789‑2244999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |