| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 2,509,217 | G→A | S82L (TCA→TTA) | ycjM ← | alpha amylase catalytic domain family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 2,509,217 | 0 | G | A | 99.2% | 1421.3 / ‑1.4 | 384 | S82L (TCA→TTA) | ycjM | alpha amylase catalytic domain family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base A (192/188); total (192/192) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
TGCAGACAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTGAAAAAATGCTTTGCAGCCATTGATGGTAAAACTGATTAAATGTGGGTAATGGTTTTAAATCATTGCTGTGAAATTGATCGGCATAGGTAATTAACACGACATCACTTTCATCCCAGTGTTTTTTACGTCGCTGTGTAATTAATCGTT > DH1/2509068‑2509364 | cAGACAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTaaaa < 3:1229112/151‑1 (MQ=255) cAGACAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTaaaa < 7:6923/151‑1 (MQ=255) aGACAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTaaaa > 8:1183552/1‑150 (MQ=255) cAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAAt < 4:164128/151‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATg > 8:1226728/1‑151 (MQ=255) aaaTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGc > 4:1114234/1‑151 (MQ=255) aaaTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGc > 6:531554/1‑151 (MQ=255) aaTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCt > 2:1136227/1‑151 (MQ=255) aTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCtt > 2:945582/1‑151 (MQ=255) aTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCtt > 2:1545791/1‑151 (MQ=255) aTCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACCGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCtt > 1:23010/1‑151 (MQ=255) aaaCATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCTTTGc < 1:1355380/151‑1 (MQ=255) aTTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTAAAAAAATGCTTTGCAGcc > 3:40953/1‑151 (MQ=255) 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aTGTAAAAAAATGCTTTGCTGCCATTGATGGTAAAAGTGTTTAAATGTGGGTAATGGTTTTAAATCATTGCTGTGAAATTGATCGGCTTAGGTAATTAACACGACATCACTTTCATCCCAGTGTTTTTTACGTCGCTGTGTAATTAATCGt < 6:245103/151‑1 (MQ=255) tgtaAAAAAATGCTTTGCAGCCATTGATGGTAAAACTGATTAAATGTGGGTAATGGTTTTAAATCATTGCTGTGAAATTGATCGGCATAGGTAATTAACACGACATCACTTTCATCCCAGTGTTTTTTACGTCGCTGTGTAATTAATCGtt > 6:1606766/1‑151 (MQ=255) | TGCAGACAAAATCAAACATTAAATGACTGCATTCACCGAGTTGCTGAATATCCTGCCACTCCCCCGCTTCACTGGCGACCTGATGATAATCAATTACCGAAAAGCCATCATCAGATGACCATGGATAAAACGGCAACAAATGAACATGTGAAAAAATGCTTTGCAGCCATTGATGGTAAAACTGATTAAATGTGGGTAATGGTTTTAAATCATTGCTGTGAAATTGATCGGCATAGGTAATTAACACGACATCACTTTCATCCCAGTGTTTTTTACGTCGCTGTGTAATTAATCGTT > DH1/2509068‑2509364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |