| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | DH1 | 3,781,762 | T→C | intergenic (‑19/+583) | mraZ ← / ← cra | division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ/catabolite repressor/activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 3,781,762 | 0 | T | C | 98.2% | 1854.1 / 10.2 | 505 | intergenic (‑19/+583) | mraZ/cra | division/cell wall cluster transcriptional repressor MraZ/catabolite repressor/activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/7); new base C (263/229); total (267/238) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 515 total aligned reads displayed.
ACGGGTGATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATTCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGCGAAGC > DH1/3781614‑3781909 | gggTGATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGGTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATcccc > 3:870918/1‑150 (MQ=255) gTGATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACt < 3:1175441/151‑1 (MQ=255) tGATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCCCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACtt > 3:1027650/1‑151 (MQ=255) gATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACttt < 5:1453344/151‑1 (MQ=255) tAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGc > 5:23001/1‑151 (MQ=255) aaaTGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTGACCCCATATCCCCCCTTTGcc > 6:236930/1‑151 (MQ=255) aaTGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGccc > 4:1899293/1‑151 (MQ=255) gTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCcac < 7:148684/151‑1 (MQ=255) gTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCca < 4:586766/150‑1 (MQ=255) tCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCcac < 5:1395693/150‑1 (MQ=255) gcAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCcaca < 1:1408291/150‑1 (MQ=255) gcAATGGGGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCcaca < 8:1584674/150‑1 (MQ=255) cAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTTCTGTCGAGATTGACTAACGTTTCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCACTTATCCCCACTTTGCCCcaca > 5:1824535/1‑150 (MQ=255) cAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCcaca < 8:849390/150‑1 (MQ=255) cAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACaa < 7:1412954/151‑1 (MQ=255) aTGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCACCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAAtt > 8:1144652/1‑151 (MQ=255) gTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTcc < 1:740139/151‑1 (MQ=255) gTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTcc < 2:1326485/151‑1 (MQ=255) cAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCGGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCCCAATTTCCCAc > 6:851677/1‑151 (MQ=255) aagcagttGTCCGGCAGCGTTCTCAAGCATCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCCCTGATTAGCGCCCTTTGCTGGCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAAAATGCCAGCCTCACCCCTTCTCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTg < 8:181393/145‑1 (MQ=255) aaCCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTg < 1:298858/151‑1 (MQ=255) aCCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGa < 2:368954/151‑1 (MQ=255) ccATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGaa < 8:10027/151‑1 (MQ=255) ccATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGa > 7:173910/1‑150 (MQ=255) tttGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAgg > 5:1530946/1‑151 (MQ=255) tGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCGCTTTGGTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGa < 2:17707/150‑1 (MQ=255) tGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAgg > 8:1884403/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGttt < 1:531551/151‑1 (MQ=255) 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gAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTAt > 5:126305/1‑151 (MQ=255) gAACATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCCTTGTTTAt > 4:1786640/1‑151 (MQ=255) aaCATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAATACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTAtt < 5:1358003/151‑1 (MQ=255) aCATGCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGACACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTATACGGCTAATATGAGCGTTGTTTAtt > 8:1390255/1‑150 (MQ=255) gCCAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGGCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACg < 6:455743/151‑1 (MQ=255) cAGCCTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTc < 8:719954/151‑1 (MQ=255) cTCACCCCTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAAc > 4:1343282/1‑151 (MQ=255) ccccTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAATAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACGCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACgcgc > 6:1225174/1‑151 (MQ=255) ccccTTATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGc < 2:278888/151‑1 (MQ=255) ttATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGCGa > 5:1703920/1‑149 (MQ=255) tATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGCGaa < 3:611174/149‑1 (MQ=255) tATCCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGCGAAg < 6:1581110/150‑1 (MQ=255) | ACGGGTGATAAATGTCAATGGTGCAAACCATTTGACCGGCAGCGTTCTCAAGCAGCTGTTCCCGATAACGGGTAGGCACTGATAAGCGCCCTTTGCTGTCGAGATTGACTAACGTTGCTCCCCGGAACATGCCAGCCTCACCCCTTATTCCCACTTTGCCCCACAATTTCCCACTGAAAGGAGTTTACGGAGCTGAGGAAAAGCTTGTCAAGCCAGTCACAAGGCATACCGAGGTAAAAAACCCGATGTTTACGGCTAATATCAGCGTTGTTTATTTTACGTCCAACGTGCGAAGC > DH1/3781614‑3781909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |