| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 3,795,806 | A→G | intergenic (+73/‑91) | sgrT → / → tbpA | transcriptional regulator SgrR/thiamine‑binding periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 3,795,806 | 0 | A | G | 99.2% | 2081.7 / ‑6.2 | 536 | intergenic (+73/‑91) | sgrT/tbpA | transcriptional regulator SgrR/thiamine‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base G (241/290); minor base C (3/1); total (244/292) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 543 total aligned reads displayed.
ATGCGCGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGAAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTAAA > DH1/3795659‑3795953 | ccTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTc < 8:860159/151‑1 (MQ=255) ccTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTc < 2:1871758/151‑1 (MQ=255) ccTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTc < 2:1522352/151‑1 (MQ=255) 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cAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCtgctgt > 8:604768/1‑151 (MQ=255) cACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGcacc > 2:1415908/1‑150 (MQ=255) cACGCGTACGCGTGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGcac > 5:159551/1‑150 (MQ=255) acgcgtacgcggTCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGTATAACGCCGGCGAAGTGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAg < 6:1774081/151‑1 (MQ=255) cgcgtacgcgtGCGCTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAgc > 3:228848/1‑151 (MQ=255) 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gcTGAGGAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCt > 4:1059240/1‑151 (MQ=255) gaggAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTaaa < 8:1091083/151‑1 (MQ=255) | ATGCGCGGCCTGCGCATGAATACCCTCGGCTGGTTCGATTTTAAATCAGCGTGGTTTGCGCCACCGGATCCATGATTGCTGGTTGATAACAAAATCACTACACTAACGCCGTTCTCAACGGGGTGCCACGCGTACGCGTGCGCTGAGAAAATACCCGTCGAACCTGATCCGGATAACGCCGGCGAAGGGATTTGAGGCTCCTTCTCAAGTCCTTTGCCACTCTTTTTTGAGGTGCAAAGTGTTAAAAAAATGTCTGCCCCTGCTGTTGCTGTGCACAGCGCCCGTTTTCGCTAAA > DH1/3795659‑3795953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |