| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | DH1 | 1,514,629 | C→T | intergenic (+88/‑132) | yfaY → / → rhmR | competence/damage‑inducible protein A/transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,514,629 | 0 | C | T | 98.0% | 1672.7 / 11.4 | 457 | intergenic (+88/‑132) | yfaY/rhmR | competence/damage‑inducible protein A/transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/2); new base T (228/219); total (236/221) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
GGATATCGCCAGTGAGCATGGCTGGATTGAGGTTGTTGAGTCCATGACCTTATCTGTCTGATTCCGCCACTCTGTGCCGGTTTACTGCACCGGCACATTCCCCCTCCGGCAAAATTTGTCCAACCTGTTGTACTCAATAAGAAAAAATCCGTGCGCTGATTCACAAATTTGTGCGTAATTTCTCCAGTCTGCTGGACGAGGAGCGGGATTTGATGCGCTTCACAATTTTACTCCCCCTGAGCAACGAGACTGATTCCAGTATCTAAGACTGGAGTCCAGTATGTTGGAATCAAGC > DH1/1514481‑1514775 | ggATATCGCCAGTGAGCATGGCTGGATTGAGGTTGTTGAGTCCATGACCTTATCTGTCTGATTCCGCCACTCTGTGCCGGTTTACTGCACCGGCACATTCCCCCTCCGGCAAAATTTGTCCAACCTGTTGTACTCAATAAGAAAAAATTCg < 1:1864367/151‑1 (MQ=255) atatCGCCAGTGAGCATGGCGGGATTGAGGTTGTTGAGTCCATGACCTTATCTGTCTGATTCCGCCACTCTGTGCCGGTTTACTGCACCGGCACATTCCCCCTCCGGCAAAATTTGTCCAACCTGTTGTACTCAATAAGAAAAAATTCGTg < 8:200904/151‑1 (MQ=255) atCGCCAGTGAGCATGGCTGGATTGAGGTTGTTGAGTCCATGACCTTATCTGTCTGATTCCGCCACTCTGTGCCGGTTTACTGCACCGGCACATTCCCCCTCCGGCAAAATTTGTCCAACCTGTTGTACTCAATAAGAAAAAATTCGTgc < 5:1288318/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |