| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | DH1 | 225,117 | Δ1 bp :: repeat_region (–) +9 bp :: Δ4 bp | coding (273‑281/528 nt) | gadE ← | transcriptional regulator GadE |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | DH1 | 225117 = | 4 (0.010) | 563 (1.070) | 249/300 | 0.0 | 99.2% | coding (281/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | 299568 = | NA (NA) | noncoding (5/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
| * | ? | DH1 | = 225125 | 4 (0.010) | 577 (1.100) | 249/300 | 0.0 | 99.3% | coding (273/528 nt) | gadE | transcriptional regulator GadE |
| ? | DH1 | = 300335 | NA (NA) | noncoding (772/773 nt) | repeat_region | repeat region | |||||
Only 100 of 1156 total aligned reads displayed.
ATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCTTG > DH1/224975‑225275 | gcataacctgaatctgagggagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCgg > 3:776131‑M1/140‑151 (MQ=255) gcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCgg < 5:1480450‑M1/12‑1 (MQ=255) taacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTTTCTTTGCGGCt < 8:555798‑M1/14‑1 (MQ=255) 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gCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCtt < 5:1973075/150‑1 (MQ=255) gCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCtt < 5:718530/150‑1 (MQ=255) | ATTGAGCGTCGACGTGATATTGCTTTCATTTTTATTTTTCAGAATCAGTTGCATAATTTTGAACTGATTATGTGAAAAACATAATTGTGAATTCTTATGGGGCAAGTGTTTACCATAAGTAATCTCAAGAAGATTTTTGATACTTTCTTTGCGGCTAACAAAATAAATAGGCGCTTTAGCTTTTAGTTTACTGATGTGATAAGGTGCCAAAACAATAATTCTCTCGGCATCTAATTTCTCCAGAAATTTAATCGCTTCTTCATCAAGGATATGATTGTGATAGGTATCAATGATAACCTTG > DH1/224975‑225275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |