Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | DH1 | 3,906,853 | 0 | A | T | 24.3% | 197.3 / 33.7 | 111 | intergenic (+24/‑11) | ECDH1_RS19315/ECDH1_RS19320 | tRNA‑Leu/tRNA‑Leu |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/18); new base T (27/0); total (93/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CCCTCGCACCAAAAACCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTCATCCCTGATTCA > DH1/3906704‑3907002 | cccTCGCACCAAAAACCACGTTGAAATTGCTCGCTCTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTaa < 3:531226/151‑1 (MQ=255) gcccACCAACCACCACGTTTATATAGCTCCCCGTTGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CCCCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGAt < 5:906139/148‑1 (MQ=18) cgcacctaccaactcGTTGATAGAGCTCGCAGTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTGCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATg < 5:537852/137‑1 (MQ=18) 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aCCAAAAACCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAAGAGCCGAAGACCAAAAATGTAACAtcc > 7:1647517/1‑147 (MQ=18) ccAAAAACCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAACTCGGGATATCAAAAAAAGTTAGATGAAtg > 3:294041/1‑151 (MQ=18) cAAAAACCACGTTGATATTGCTCGCACTGTTGTTAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTGTTACGGTCGTGGGGGGTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACtgt < 1:504150/151‑1 (MQ=21) aaacacgtcGTTTATATTGCTCGGTCTCGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGGCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACtgtg < 1:1164885/143‑1 (MQ=18) aaaaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACtgtg > 1:954061/1‑151 (MQ=255) aaaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAAAAGGTTAAATCAAATAAAGTATAATGCCtgtgt > 7:1386430/1‑150 (MQ=18) aaaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCGC‑G‑CACCAAACGAGGAGATATCAATTAATGTTACATGAGtgtgt > 1:1317786/1‑150 (MQ=18) aaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAATAAGGGGATATCAATTAATGTTTGTTGACtgtttt > 1:1097415/1‑148 (MQ=17) aaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAGGAGGGGATATCAAATATATTTAGATGCAtgtggt > 8:598291/1‑149 (MQ=18) aaaCCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTACCCCCCCAC‑G‑CACCAAAACAAGGGAAAACAAAAAAAGGTAGTAGACtgtggt > 2:1368977/1‑149 (MQ=17) 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atTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCGC‑G‑CACCAAAAGAGGGGAGATCAAAAAATGTTAGTTGCCTGTTGGTTGGTGGCGGatt > 7:111141/1‑149 (MQ=17) tGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCCAAATACGGGATATCAAAAAAAGTTAGATGAGTGTGGGTTGGTGGCGGAAtgg > 3:1634210/1‑149 (MQ=17) tGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAAGAGGCTACATCAAAAAATGTAAGATGAGTGTTGGTTGCTGGCGGAATTg > 5:498256/1‑151 (MQ=17) ggccgtgcgCGACGGGGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCGGCCGGTGTTAGGGTTCGTCGGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑C‑CCCCACCCGCGGCGATTTCAAAAAAAGTAAGCTGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTa < 3:1375130/142‑1 (MQ=18) gCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTACCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGACGGTAAATCAAAAAAAGTTAGATGAATGTTATTAGGTGGCGGAAttaattt > 7:436661/1‑145 (MQ=17) 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> 6:311169/1‑150 (MQ=16) tgtTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAAGAGGGGATATCAAAAAATGTTAGTTGCCTGTTGTATGGTGGCGGAATTGGTATAAGGTATATCTTCAGGATTTAGTGTCATTACGGACGGGGGGGttg > 3:37827/1‑149 (MQ=16) gtTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTGAAGTGCCCCCCCGC‑G‑CCCCCAAAGAGGGGAGATGAAAAAAAGTTAGATGAAGGGTCGAAGGGGGGGGGATTGGGAGACCCCCTAGCGTGAGGGGTTAGTGGGCGTTCGGGCGTtgggggtaac > 5:360893/1‑146 (MQ=255) gtTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAACAGGGGATATCAAAAATAGTTTGTTGAGTGTGAGTTGGTGGCGGAATTGATATAAGGGGTATCGGCAGGTGTTAGTGTAATAAGGGCCGGGGGGGttggt > 5:918941/1‑148 (MQ=12) tgtTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCAC‑G‑CACCAAAAGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACTGTGGGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGGGGTAGCGTCAGGTGGTAGTGTAATTAAGGACGTggggggtggactaac > 8:946467/1‑141 (MQ=25) tCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAAAGAGGGGATATCAAAAAAAGTTAGATGACTGTGCGTAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTACTTACGGACGTGGGGGTT‑GAAGT‑cacccc > 5:232448/1‑151 (MQ=25) 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aaaaaaGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGTCCCCCCCCCTCGCCCCAATTATGTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTGATcc > 2:155686/1‑151 (MQ=255) aaaaaaGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTCATgcc > 2:1463901/1‑151 (MQ=255) aaaaaGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTCATCCCt > 3:169303/1‑151 (MQ=255) aaaaaGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTCATCCCt > 7:492411/1‑151 (MQ=255) aaaaaGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCGTTCTTGTTTGTTCCTTGAtttttgctgcct > 2:1548359/1‑144 (MQ=255) 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aaGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑GAAGT‑CCCCCCCCGCGCCCCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTGTTCCTTGATTTTTCATCCCTGATTCa > 1:1001220/1‑150 (MQ=255) | CCCTCGCACCAAAAACCACGTTGATATTGCTCGCACTGGGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTTCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGTCCCCCCCCTC‑G‑CACCAAACGAGGCGATATCAAAAAAAGTAAGATGACTGTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTT‑CAAGT‑CCCCCCCCTCGCACCAATTATCTTTACTTCCTTTCTTGTTTCTTCCTTGATTTTTCATCCCTGATTCA > DH1/3906704‑3907002 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |