Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | DH1 | 3,184,585 | 0 | C | A | 28.0% | 281.3 / 47.3 | 143 | intergenic (+8/‑30) | ECDH1_RS15795/ECDH1_RS15800 | tRNA‑Gln/tRNA‑TERM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/44); new base A (37/3); total (96/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GAATCCCGTCGTAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGTTC > DH1/3184436‑3184734 | gAATCCCGTCGTAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGTATCTGCTTCCCCCCTTGCCACTGACGACTCCTAGTCCCCCAGCCAATTTATTc > 1:436782/1‑150 (MQ=255) aaTCCCGTCGTAGCCTCCAACTTCTGAATGTATCGTATATGTTCTTCATATTCAAACCCATTTTTTTGGTGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCaa < 4:615379/151‑1 (MQ=21) ggcgtAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGATTTTTTTCTTCTAATTGTATACCAATTTGTTGTTGTATCGCCTCGCCGTTATTTACCTGATTGTGTTTCCTGCTTTCCGTGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCAAGACGCt < 6:704849/149‑1 (MQ=255) cgtAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTAAAGaaggttt > 8:1333279/1‑145 (MQ=255) cgtAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAAATTATTAAAGAGGcgtt > 1:95126/1‑148 (MQ=255) tAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACTTTATTAAAGATGCTTAcg > 5:625518/1‑150 (MQ=255) tAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAAATTAATAAAgcaccatacc > 2:669727/1‑142 (MQ=21) aaaTTCTGAATGTATCGAATATGTTCTGCAAATTGAAAACCATTTTGTTGGGGTATCGCCATGCGTTAATGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGt < 7:1722120/151‑1 (MQ=25) tGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATAAAAGAAGCATACCTAGTAAGTGAAcc > 4:917880/1‑150 (MQ=21) aaTGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTAAAGCAGGTTACGTTGTAAGTGCTccg > 3:596367/1‑148 (MQ=21) gTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGtt < 8:485117/150‑1 (MQ=255) aTCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTAAAGAACCTTACCTAGTGAGTGCACCCAGTTggg > 3:1212237/1‑151 (MQ=255) gAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTAAAAAAGAAGGTTACCTTGTAAGTGCTccttgtgtgggt > 7:1007988/1‑140 (MQ=18) 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ccccAGCCACTATCTTCAAGGCTCTTAACTTGCAACAGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCtttt < 7:1793114/151‑1 (MQ=21) cccAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCttttt > 4:899610/1‑151 (MQ=255) ccAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATACTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTAGCTTCGGCGAGCTTTTTg > 1:452726/1‑151 (MQ=255) cAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTgg > 7:1495853/1‑150 (MQ=255) cAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGc > 6:980293/1‑151 (MQ=255) 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aaTTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTc > 3:1525434/1‑151 (MQ=255) aaTTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTc > 3:1817502/1‑151 (MQ=255) aTTTATTCAAGCCGCTTACCTTGTAAGTCCACCCAGTTGGGGTATCGCCAACCGGTAAGCCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCt > 5:927228/1‑151 (MQ=255) aTTTATTCAAGCCGCTGACCTTGCAAGAGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCt < 7:1332063/151‑1 (MQ=255) aTTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCt > 7:1123434/1‑151 (MQ=255) aTTTATACAATATGCTTCCATTTAAATTGCAATCTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCt < 8:1084711/151‑1 (MQ=18) aTTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGt > 8:52871/1‑151 (MQ=255) aTTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGt > 1:614115/1‑151 (MQ=255) ttCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGATGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATACCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTCCGtt > 2:610373/1‑151 (MQ=255) cAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGttc > 6:1134883/1‑150 (MQ=255) cAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGttc > 6:495215/1‑150 (MQ=255) | GAATCCCGTCGTAGCCACCAAATTCTGAATGTATCGAATATGTTCGGCAAATTCAAAACCAATTTGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTGATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCAATTTATTCAAGACGCTTACCTTGTAAGTGCACCCAGTTGGGGTATCGCCAAGCGGTAAGGCACCGGATTCTAATTCCGGCATTCCGAGGTTCGAATCCTCGTACCCCAGCCACATTAAAAAAGCTCGCTTCGGCGAGCTTTTTGCTTTTCTGCGTTC > DH1/3184436‑3184734 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |